Хавьер Субири родился в г. Сан-Себастьян (Доности) в 1898 г. После окончания в родном городе колледжа Санта Мария (1905–1015), Субири приступает к изучению философии и богословия в семинарии Мадрида. В столице он живет в пансионе и посещает занятия в качестве приходящего студента. Здесь же, в Мадриде, Субири испытал первые философские влияния, сыгравшие решающую роль в его становлении как философа. Особенно важное значение имела для него встреча с Хосе Ортегой-и-Гассетом в начале 1919 г. Ортега познакомил Субири с основными направлениями европейской философии, в первую очередь с феноменологией Гуссерля. Это главная точка отсчета для понимания дальнейшей эволюции мышления Субири. Ортега обратил внимание на тот факт, что с Гуссерлем в философию входит третья метафора, идущая дальше античной метафоры человека как части универсума и дальше нововременной идеи сознания как вместилища целого мира. Поверх грандиозных метафизических теорий древности и Нового времени, Гуссерль вознамерился вернуться к самим вещам, чтобы от них получить элементы философии, свободной от неоправданных допущений. Гуссерлевский анализ сознания выявляет конститутивную соотнесенность ноэтического полюса сознания с его ноэматическим полюсом, соотнесенность субъекта с объектом. Интенциональность сознания препятствует его субстантивации и открывает, по убеждению Ортеги, а также молодого Субири, возможность новых горизонтов философствования.
В 1920–1921 гг. Субири изучал философию в Высшем Институте философии Католического университета Лувена. В ноябре 1920 г. он ненадолго переезжает в Рим, где защищает докторскую диссертацию по богословию. В Лувене Субири познакомился с Л. Ноэлем и другими профессорами, заинтересованными в раскрытии всех потенциальных возможностей мысли Эдмунда Гуссерля. Философия Гуссерля, под воздействием которой в ту пору совершалось преобразование философской панорамы в Европе, стала предметом дипломной работы, представленной Субири в феврале 1921 в Лувене и озаглавленной: «Проблема объективности в Логических исследованиях Э. Гуссерля, I: Чистая логика». 21 мая того же года Субири защитил в Центральном Мадридском университете докторскую диссертацию по философии, которая была написана под руководством Ортеги и называлась: «Очерк феноменологической теории суждения». Эта диссертация, опубликованная, с некоторыми изменениями, в 1923 г., стала первой посвященной Гуссерлю работой не на немецком языке. В ней Субири занимает в рамках феноменологического движения свою личную позицию, которую можно было бы назвать «объективистской». В том же 1921 г. Субири был рукоположен в сан священника в г. Памплона.
В 1926 г. Субири выиграл конкурс на замещение вакантной должности и становится преподавателем кафедры истории философии при философско-филологическом факультете Центрального Мадридского университета. В те годы вместе с ним работала группа замечательных мыслителей, распавшаяся после гражданской войны. К ней принадлежали Ортега-и-Гассет, Адольфо Бонилья Сан-Мартин, Мануэль Б. Коссио, Хулиан Бестейро, Мануэль Гарсиа Моренте… В 1929 г. Субири отправляется во Фрайбург для продолжения образования. Там он слушает лекции Гуссерля и Мартина Хайдеггера. Недавняя публикация «Бытия и времени» представила Хайдеггера как философа, который продолжил и радикализировал гуссерлевскую феноменологию. Сознание, как его мыслил Гуссерль, отныне лишилось своей роли фундаментального основания, ибо конститутивная взаимосвязь человека и мира, как показал Хайдеггер, дана уже в самой «эк-зистенции». Экзистируя, оказываясь лицом к лицу с ничто и смертью, человек понимает, что вещи есть, но могли бы и не быть; и таким образом перед ним раскрывается бытие вещей. Это раскрытие, несомненно, обнажает бытие вещей (но не само бытие), однако оно возможно только в человеке как экзистирующем сущем, которое поэтому представляет собою «здесь-бытие», Dasein. Субири горячо приветствовал эту радикализацию феноменологии, но в то же время сохранял критическую позицию по отношению к идеям Хайдеггера, которую однажды имел возможность высказать немецкому философу. Хайдеггеровское вопрошание о бытии, исходящее из ничто, отражает, с точки зрения Субири, живучесть старых философских идей богословского происхождения, которые были характерны для всего Нового времени. Позднее Субири скажет, что за бытием стоит реальность, схваченная в непосредственном контакте с вещами.
Возможно, эти интересы созвучны некоторым занятиям Субири в те годы. В 1930 г. он живет в Берлине, где, помимо других людей, сводит знакомство с Эйнштейном, Шрёдингером, Цермело и Йегером. В этот период Субири прилагает значительные усилия к тому, чтобы разобраться в последних достижениях физики и в их последствиях для философии. Новая физика Эйнштейна и Планка произвела революцию в общей картине нашего знания. Общая и специальная теория относительности поставила под вопрос классические представления о пространстве и времени: отныне они предстают в непосредственной связи с массой и движением. Но и сама идея материи радикально преображается с появлением квантовой механики. В ходе своей философской эволюции Субири не остается в стороне от этих перемен, но стремится интегрировать их в собственное мышление. В самом деле, Субири полагал, что эти изменения в научном мире, параллельные тем изменениям, которые совершались в то время также в мире искусства и культуры в целом, нуждаются в совершенно новом философском