Острожским и протестанты во главе с виленским воеводой Криштофом Радзивиллом решили бороться с унией старым легальным способом – через сеймы. Но католическое большинство при сильной поддержке короля на сеймах 1596 г. и 1597 г. сорвало все попытки диссидентов отменить унию. В итоге к уже существующей межконфессиональной розни добавился и конфликт между униатами и православными. Да и вообще Сигизмунд был человеком из другого мира, чуждый не только своим русским подданным, но и польским панам. Он носил бородку клином, как его современник, жестокий и подозрительный испанский король Филипп, с которого Сигизмунд во многом брал пример. Вместо простого кафтана и высоких сапог, какие носил Баторий и другие польские короли, Сигизмунд одевался в утонченные западные одежды, в чулки и туфли.
В ноябре 1592 г. умер шведский король Иоанн III. Сигизмунд III отпросился на год у сейма, чтобы уладить свои наследственные дела. Он короновался шведской короной в Упсале. Побыв несколько месяцев в Швеции, Сигизмунд отправился в Польшу, поручив управление страной регенту – своему дяде Карлу Зюдерманландскому (1530–1611 гг.)
На родине Сигизмунд популярностью явно не пользовался. Масла в огонь подлила и женитьба Сигизмунда на католичке – австрийской принцессе. С отъездом Сигизмунда в Польшу власть в Швеции постепенно стала переходить к его дяде герцогу Карлу Зюдерманландскому. В 1594 г. он официально был объявлен правителем государства.
В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но в 1597 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. Одновременно начались и боевые действия в Эстляндии, которые шли до 1608 г. с переменным успехом.
Сигизмунд III успел поссориться и с запорожскими казаками. На сейме 1590 г. король потребовал ограничить число казаков шестью тысячами человек, подчинить их коронному гетману, воспретить продажу простонародью пороха, свинца и оружия в Киевской земле и т. д.
Ответом стало первое большое казацкое восстание. Его возглавил православный шляхтич Кристоф Косинский. 19 декабря 1591 г. казаки взяли Белоцерковский замок. Вслед за Белой Церковью восставшие заняли Триполье, а немного позднее – Переяслав (на левом берегу Днепра). В июне 1592 г. казаки осадили Киев, но взять его не смогли.
23 января 1593 г. под местечком Пятка вблизи города Чуднова казаки Косинского встретились с польским войском под началом Константина Острожского. Сражение длилось целую неделю и закончилось подписанием мирного соглашения.
Но вскоре боевые действия возобновились. Сейм 1593 г. постановил «считать казаков врагами отечества». В конце лета того же года на мирных переговорах в городе Черкассы Косинский был предательски убит слугой князя Александра Вишневецкого. Тем не менее при заключении мира панам пришлось пойти на уступки казакам.
Но гибель Косинского стала не концом, а началом казацких войн. 5 октября 1594 г. казаки Северина Наливайко вместе с брацлавскими мещанами напали на шляхту,