1941-го до июня 1942 года Алексею Алексеевичу и Варваре Александровне не удавалось «перекликнуться словом», а в июне он сообщил ей, что был счастлив, получив ее письмо, что он «болен и слаб от ноги, которая делает его калекою, и от пищевода, который дурно пропускает пишу». Однако он не теряет надежды «войти в свои прежние занятия», для чего придется переезжать на Волгу. Работать Ухтомский не переставал: преодолевая боль в ноге, добирался до Университета, читал там доклады, оппонировал на защите диссертаций… Сотрудники Физиологического института постепенно эвакуировались в Елабугу и Саратов, и Алексей Алексеевич говорил отъезжающим: «Я начал работу в Университете лаборантом-хранителем. Вот вы все уедете, а я буду охранять кафедру и институт…» Попытки вывезти его на «большую землю» предпринимались неоднократно, но Алексей Алексеевич словно чего-то ждал.
Он с профессиональным хладнокровием оценивал свое состояние и в июле 1942 года писал Варваре Александровне: «А мне вот стукнуло 67 лет! Срок по нашей семье очень большой. За то и немощи начались, как в старом доме: не успеваешь заметить, где садится сруб на землю, где перекосило угол и стену, а где сдают балки!» В последний раз он обращался к ней 22 июля 1942 года: «Вчера получил Ваше письмо, добрый мой друг, и сегодня, в Магдалинин день, пишу, чтобы не откладывать. Очень ждал я Ваших строк, как Вы наверно чувствуете, там вдали…» Алексей Алексеевич утешал Варвару Александровну: болезнь пищевода не злокачественная, – хотя сам, думается, не питал уже никаких иллюзий.
«Иногда я ем и тогда несколько подкрепляюсь, – рассказывал он в своем прощальном письме, – а иногда ничего не могу съесть за день, тогда очень слабею. Возраст мой для нашей семьи большой и немощи мои в порядке вещей. Жаль, что они совпали со столь трудными, жесткими для отечества и народа днями! Так нужны сейчас все силы. Так легко стать бременем для окружающих: а уж это очень больно! Всего, всего, всего Вам доброго, прежде всего – дальнего зрения, которое не давало бы ближайшим и близоруким впечатлениям застилать глаза… Простите и помните Вашего преданного А. У.»
Скончался Алексей Алексеевич 31 августа 1942 года и был погребен на Литераторских мостках Волкова кладбища.
Дальним зрением он дорожил больше всего – и в Первую мировую войну, в пору общего расслабления и духовной смуты, и в «отступнические годы» бесчеловечной революции, и позже, размышляя о «мировых траекториях», уносящихся в «темную мглу предстоящей истории». Дабы видеть будущее, он оглядывался далеко назад, в глубь веков…
Дневниковые записи А. А. Ухтомского, включенные в настоящий сборник, и его письма к В. А. Платоновой хранятся в Санкт-Петербургском отделении архива Академии наук (ф. 749) и печатаются по ранее подготовленным нами изданиям: Ухтомский А. Заслуженный собеседник: Этика. Религия. Наука (Рыбинск, 1997); Ухтомский А. Интуиция совести: