Это не означало, что государь не мог без Думы решать дела или издавать законы. Но, как правило, заседания Думы проходили в присутствии царя: «сидения царя с боярами о делах», либо по указу и полномочию царя в его отсутствие. Заседала Боярская дума в царском дворце, когда 3 раза в неделю (по свидетельству Дж. Флетчера в конце XVI века), когда «всякий день», «с утра рано и после обеда в вечерни» (по свидетельству Г. Котошихина во второй половине XVII века). По заведенному распорядку члены Думы делили с царём и все его обыденные дела: обедали, ходили в церковь, почивали после обеда. К концу XVII века Дума разрослась, достигнув при Фёдоре Алексеевиче 167 человек. Дума, как институт государственной власти была ликвидирована Петром I.
В течение XVI века между великокняжеской властью и Думой шел довольно бурный «диалог» о праве участвовать в управлении государством, ограничивать самовластье единодержавного монарха. Особенно сильные опалы и казни члены Боярской думы и вообще родовитое боярство пережили при Иване IV Грозном, который не хотел «держать при себе советников умнее себя». Не случайно потом, во время Смуты, набравшая силу Боярская дума брала с избираемых царей крестоцеловальные записи («письма»), «чтобы им быти не жестокими и не опальчивыми и мыслити о всяких делах с бояры и с думными людьми сообща, а без ведома их тайно и явно никаких дел не делати». Такую «крестоцеловальную грамоту» подписывал, к примеру, Василий Шуйский.
После смерти Ивана IV значение Боярской думы опять возросло. Она играла заметную роль в отдельные периоды иностранной интервенции и крестьянской войны начала XV века. В правление боярского царя Василия Шуйского (1606–1610), кроме Боярской думы, в Москве существовала особая Дума в тушинском лагере. После свержения Василия Шуйского 17 июля 1610 года к власти пришла Боярская дума, и фактическое управление государством осуществляла группировка из семи наиболее влиятельных членов Думы (Ф. И. Мстиславского, И.М. Воротынского, А.В. Трубецкого и др.). Это боярское правление получило у современников наименование «семибоярщины». В договорах, заключенных с польскими интервентами 4 февраля и 17 августа 1610 года, бояре пытались подчеркнуть возросшую значимость Боярской думы.
Учреждение земских соборов означало установление в России сословно-представительной монархии, характерной для большинства западноевропейских государств. Сословно-представительная монархия, социальной базой которой выступало служилое сословие – дворянство и население городов, т.е. те социальные слои общества, которые в наибольшей степени были заинтересованы в сильном централизованном государстве, обретает свою институциональную основу в виде Земских соборов или «советов всея земли», которые явились новым органом центрального управления.
Спецификой сословно-представительных органов в России было то, что роль «третьего сословия» (городских буржуазных элементов) в них была гораздо слабее и в отличие