Михайловича приводило к череде городских восстаний: в 1648 г.– в Москве, Томске, Соли Вычегодской, Устюге Великом, в 1650 г. – в Пскове и Новгороде, но законодательство развивалось, совершенствовалось и самодержавное государство укреплялось. Созванный Земский собор принял в 1649 г. новое Уложение, удовлетворившее основные требования дворян о бессрочном сыске беглых крестьян и др. В ответ полыхнуло Московское восстание 1662 г., забушевала Крестьянская война под предводительством С. Т. Разина 1670-1671 гг. Но народные выступления жестоко подавлялись, а бунтовавший Стенька Разин, был казнен и анафемствован – отлучен от церкви. Бунты же, мало – помалу, утишились, потому и сам благочестивый Государь, получил наименование Тишайший. Однако, фактически, ни тишины, ни гармонии в государстве не получилось.
Церковный Раскол, потрясший всю державу, гул от которого докатывается до наших дней, можно сравнивать со временами Смуты, однако, уставший от внутренних войн и сражений с внешними врагами, народ, как сказал поэт: «посмущался, но смуты не произошло». Потрясение от, прошедшей во времена Алексея Михайловича, Никоновской церковной реформы было гораздо сильнее любой реформы «царя реформатора» Петра I. Да и сама реформа оказалась по негативным результатам покруче любого петровского деяния, хотя, казалось бы, была вызвана внешне малозначительными причинами.
Царь сближается с Никоном, бывшим в то время митрополитом в Новгороде, когда тот со свойственной ему энергией, в марте 1650 г. усмирил восставших горожан, в 1651 году. Никон вошел в доверие к царю, вскоре (25 июля 1652 г.) был посвящен в патриархи и с этого времени стал оказывать прямое влияние на государственные дела, претендуя даже на титул "великий государь", который некогда носил патриарх Филарет. Царь называл Никона своим "собинным другом". Никон энергично приступил к исправлению богослужебных книг и обрядов, стремясь привести русскую церковную практику в соответствие с греческой. Правительство поддержало эти начинания Никона. Введение единообразия церковной службы и усиление централизации церковного управления соответствовало интересам самодержавия. Но крепнущему абсолютизму царя противоречили теократические идеи Никона, сравнивавшего власть патриарха с солнцем, а власть царя с луной, лишь отражающей солнечный свет, и считавшего, что в Москве – "третьем Риме" – патриарх играет роль папы: светского и духовного главы государства. В течение ряда лет, Никон властно вмешивался в светские дела / Валишевский Смутное время. М.,1911/. Подробные устремления и деяния, именуемые «папизмом» русской Православной церковью осуждены, как несовместные с канонами Православной веры, и расцениваются как крайнее проявление греха – гордыни. Во время военных действий 1654-1658 гг. царь часто выезжал из Москвы, встречи с патриархом стали более редкими, и влияние его постепенно стало слабеть. 6 июля 1658 г. на большой пир в честь грузинского царевича царь не пригласил патриарха – второго "великого государя". Когда Никон выразил по этому поводу удивление, то князю Георгию Ромодановскому