Тогда как ученые малороссы ставили идеалом старину вселенскую и с нею сравнивали современную московскую действительность, протопопы говорили о старине московской, которую они отождествляли со вселенской, находя ее к тому же, за отсутствием больших исторических сведений, в очень недалеком прошлом, а современную им практику всех других православных церквей подозревали в еретичестве. Из этого основного различия в понимании цели вытекало далее и различие средств. Малороссы считали неизбежным ознакомление с западной наукой; московские протопопы отворачивались от нее с отвращением и искали опоры в одной вере; одни убеждали в необходимости исторического изучения запутавшихся вопросов церковной обрядности и привлечения для их решения опыта вселенской православной церкви, другие считали возможным довольствоваться своими личными воспоминаниями и своей домашней литературой, отрицая опыт иных церквей как неправоверных и противопоставляя их практике свою. При таком различии взглядов и положений враждебные отношения между двумя кружками были неминуемы. Широкая программа очищения обрядов русской церкви, представленная киевскими учеными, заставила кружок Вонифатьева и Неронова принять оборонительное положение, и в ответ на упреки в невежестве послышались обвинения в ереси. Среди московского духовенства поднимался все более резкий ропот против новшеств, вводимых приезжими “хохлами”. Обе стороны готовились помериться силами и ждали начала борьбы.
Пока жив был слабый патриарх Иосиф, Неронов и Вонифатьев с товарищами чувствовали силу на своей стороне. Но 15 апреля 1652 года Иосиф умер. В сущности, вопроса о личности нового кандидата на патриарший престол не могло и возникнуть, так как он всецело разрешался всем известною любовью царя к Никону. Однако кружок Неронова сделал, кажется, попытку выставить кандидатуру человека, которого он мог бы с полной и безусловной уверенностью считать своим, именно протопопа Стефана Вонифатьева. Правда, рассказ Аввакума, от которого мы только и имеем сведения об этой попытке, несколько спутан: в одном месте он говорит, что Неронов с приятелями, в том числе и сам он, вместе с казанским митрополитом Корнилием, подали царю челобитную с просьбой назначить патриархом Вонифатьева, но последний сам отказался от этой чести и указал на Никона; в другом месте Аввакум рассказывает, что протопопы, и сам он в числе их, прямо просили о назначении патриархом Никона и были непосредственными виновниками этого назначения. Трудно сказать, которая из этих двух версий справедливее, но общий смысл их обеих соответствует действительному положению вещей, если только принять некоторые необходимые ограничения. Протопопы не были прямыми виновниками возведения Никона в сан патриарха, так как намерения Алексея Михайловича на этот счет уже вполне сложились без их участия, но, зная эти намерения, они, в полном ли своем составе или в лице Вонифатьева, могли и со своей стороны указать на Никона, рассчитывая