ибн Абу Бакр, чье назначение датируется рамаданом 36 года, через месяц предъявил нейтральным силам ультиматум: либо полностью подчиниться ему, либо уехать. Какое-то время они благоразумно сдерживались, но после Сиффина несколько раз отразили атаки наместника. Воодушевленные своим успехом, они совершили восстание под предводительством Муавии ибн Худайджа ас-Сакуни, чтобы отомстить за пролитую кровь Усмана, и стали опасными соперниками для Мухаммеда. Али пришлось решиться отправить Малика аль-Аштара, победителя Сиффина, в Египет. В то время Малик находился в Нисибине, на границе Месопотамии, который относился к Сирии. Он тоже явился без армии, но был отравлен в Кулзуме. Муавия, по наущению которого это произошло, с ликованием объявил о его смерти с минбара дамасской мечети. По настойчивой просьбе Али глубоко подавленный Мухаммед остался на своем опасном посту.
Но эту версию Абу Михнафа, которая лежит в основе современных версий исламской истории, можно исправить при помощи более точных рассказов. Кайс ибн Саад не был первым из наместников Али в Египте, он был преемником Мухаммеда ибн Абу Хузайфы. Тот оставался в Египте, когда мятежники двинулись оттуда в Медину против Усмана, и изгнал Ибн Абу Сарха и захватил провинцию для Али. Но уже в 36 году Муавии и Амру удалось выманить молодого человека в Ариш на границе Палестины. Они не проникли дальше в Египет, так как последователи Усмана не стали действовать с ним сообща. В Арише его окружили и взяли в плен, а затем убили. Версии того, когда и как произошло убийство, расходятся между собой. Сириец Нельдеке говорит, что его племянника Хузайфу убили по приказу Муавии в 969 году эры Селевкидов (38–39 годы от хиджры)[46]. Эту датировку подтверждает Ибн аль-Кальби у ат-Табари, но он говорит, что Муавия собирался позволить ему скрыться, когда он бежал из тюрьмы, и что некий хасамит убил того против воли Муавии, обнаружив его – когда дикие ослы привлекли к нему внимание – в пещере Хауран. Аль-Вакиди опять же относит убийство к тому же году, что и тюремное заключение, 36 году от хиджры, что, по всей вероятности, неверно. После того как ибн Абу Хузайфа был захвачен, Кайс ибн Саад сменил его, поэтому он вряд ли мог снова покинуть свою провинцию сразу же после рамадана 36 года и принять участие в битве при Сиффине, как утверждает Абу Михнаф. Согласно аз-Зухри, он не был смещен до этого сражения и даже тогда не отправился прямиком к Али в Куфу без затаенной злобы, но хотел остаться в Медине. Но оттуда его отпугнул Марван ибн аль-Хакам и другие Омейяды, к большому раздражению Муавии. Его непосредственным преемником стал аль-Аштар, и только после того, как того отравили после приезда в провинцию, туда явился Мухаммед ибн Абу Бакр. В противоположность этому Ибн аль-Кальби фактически сообщает, что аль-Аштар был отправлен в Египет после падения Мухаммеда ибн Абу Бакра, но это, во всяком случае, совершенно неверно. Муавия и Амр повторили нападение на Египет, от которого отказались в 36 году от хиджры, и в 38 году добились гораздо большего успеха в борьбе с Мухаммедом ибн Абу Бакром.