Создание разветвленной и многочисленной сети подпольных организаций в оккупированных районах Карелии было объективно невозможно. В отличие от партийного руководства Карело-Финской республики, Ю.В. Андропов достаточно быстро сделал соответствующие выводы и доложил в ЦК ВЛКСМ о необходимости внесения корректив в организацию работы на оккупированных территориях. Удивительный факт: за годы войны в республике зафиксированы лишь два факта предательства со стороны комсомольцев-подпольщиков. По оценке Н. Тихонова, инструктора военного отдела ЦК ЛКСМ республики, впоследствии ставшего крупным руководителем в Карелии, «потребность в исчерпывающем знании проблемы, подлежащей решению, деловитость и принципиальная настойчивость уже тогда были присущи Юрию Владимировичу в высшей мере. Действия его при всей основательности были стремительными, умение перестроиться в нужный момент – поразительным» (Чекисты Карелии, 1986: 62).
Две трети территории прифронтовой республики, включая столицу Петрозаводск, были оккупированы финляндскими войсками. В своих воспоминаниях Куприянов отметил: «Я много раз в дни войны бывал под артобстрелом, пулеметным огнем и бомбежкой. Там смерть тоже носилась рядом, и много раз в какие-то моменты невольно приходилось вспоминать о ней» (Куприянов, 1989: 171). Действительно, прифронтовые районы жили напряженной жизнью. Нередко люди работали только ночью, пользуясь отсутствием налетов вражеской авиации. В подобных же условиях находился и Андропов. В одном из писем он описал эпизод, связанный со своим участием в формировании 131-го стрелкового полка: в июле 1941 г. полк был срочно переброшен закрывать брешь отступающего фронта на Суоярвском направлении. Так Андропов оказался в районе боев: «На днях был на самых передовых (район Суоярви) <…> Видал теперь, впервые в жизни, настоящую боевую жизнь. Довелось даже пострелять врага. Как я себя чувствовал? В основном неплохо, но, честно говоря, в себя пришел не сразу. Ну, теперь – «мы солдаты стреляные» (цит. по: Шлейкин, 2014: 43). 131-й полк 71-й дивизии 7-й армии был сформирован благодаря активному участию ЦК ЛКСМ Карелии и лично Андропова, в его состав вошли добровольцы из комсомольских кадров и молодежи. Полк вел тяжелые оборонительные бои с превосходящими финскими частями, а также с элитной 163-й немецкой дивизией в июле – августе 1941 г. Более полутора месяцев он героически прикрывал важное направление на Суоярви и Петрозаводск.
По свидетельству комиссара партизанского отряда «Комсомолец Карелии» Ивана Инниева, его первая встреча с Андроповым произошла недалеко от Калевалы – комсомольский руководитель часто бывал в отряде, созданном по его инициативе (там же. С. 97). Нередко видели Андропова и в пограничных частях. Решением бюро ЦК ЛКСМ 29 ноября 1942 г. 101-му погранполку НКВД охраны тыла Карельского фронта было присуждено переходящее Красное знамя комсомола Карело-Финской ССР. Знамя пограничникам вручал Андропов.
В своем письме первому секретарю ЦК ВЛКСМ Н.А. Михайлову от 13 марта 1942 г. Андропов