Отсюда отправлялись их миссии в Центральную и Восточную Азию, где они проповедовали свое лжеучение и крестили местное население. На территории, занятой франками, несториан было мало. Однако небольшая несторианская община действовала в Иерусалиме при господстве франков.
Последняя христианская секта, сыгравшая свою роль в истории Латинского королевства и которую стоит здесь упомянуть, были марониты, христианское население Ливана. Несмотря на неоднократные попытки маронитов доказать свою принадлежность к православию, было очевидно, что они следуют догмату единой воли, в Христе воплотившемся. Учение монофелизма стало символом веры ливанских христиан после мусульманского завоевания и разрыва связей с византийской церковью. Название «марониты» происходит, как свидетельствуют члены этой церкви, от Иоанна Марона, бывшего якобы патриархом Антиохии в конце VII в. Однако патриарх с подобным именем в это время неизвестен. Некий Марон действительно жил в V в., и монастырь Святого Марона на реке Оронт в Сирии был центром христианской жизни. Однако раскол датируется VII в. Эта христианская община, как и ее соседи друзы, проживала в горных районах Ливана и пользовалась в достаточной мере правами автономии при мусульманах. Марониты были прекрасными воинами и лучниками, что было оценено франками. В 1182 г. патриарх франков Антиохии Амори добился евхаристического общения с папством. По свидетельству Уильяма Тайра, известного средневекового историка, сорок тысяч человек отреклись от монофелизма и приняли учение Рима. Община маронитов продолжает существовать и в наши дни.
К востоку от Антиохии, за Тигром и Евфратом, продолжали существовать небольшие общины сирийской, яковитской и несторианской церквей и христиане армяне. Эти области вокруг Тель-Башара и Эдессы, которые до середины XI в. принадлежали Византии, добились автономии и признания своей христианской идентичности после того, как было образовано графство Эдесса под управлением франков.
Между Антиохией и Триполи христиан встречалось мало. В середине VII в. Южная Сирия, Ливан и Палестина были отрезаны от Византийской империи, и хотя в результате успешной византийской «реконкисты» в X в. были возвращены территории вплоть до Йизреэльской долины и Кесарии на палестинском побережье, но все эти завоевания были преходящи.
На протяжении четырех столетий, когда эти территории не принадлежали Византийской империи, они были исламизированы. К сожалению, недостаток надежной информации не позволяет описать этот процесс. Все же можно уверенно заявить, что исламизация шла медленно, поскольку на этих территориях, и особенно в Палестине, арабы-мусульмане не селились, и лишь отдельные вторгшиеся племена обосновались на узкой прибрежной полосе. Однако ислам в начале XI в., как оказалось, стал не только религией правителей, но и большинства населения, особенно в районах к югу от Ливана. Однако именно здесь отдельные территории оставались преимущественно христианскими.