ополченцы князя Димитрия Пожарского отразили попытку польского войска гетмана Ходкевича прорваться в Кремль. В период Смуты начала XVII века монастырь явился одним из центров благочестия. И в знак этого по восстановлении государственности в России здесь принимает иноческий постриг сестра одного из руководителей освободительного движения – Козьмы Минина, впоследствии прославившаяся в народе как старица София.
Сожженный во время Смуты Зачатьевский монастырь был возобновлен в 1623 году. Возможно, в это время была сложена новая ограда или поправлена старая – стены и башенки датируются XVII веком. По периметру монастыря были келлии, служебные постройки, настоятельский корпус. Деревянные здания постепенно заменяли каменными. В монастыре содержали боярыню Евдокию Урусову, раскольницу, сестру Феодосьи Прокопьевны Морозовой, пострадавшую за старую веру. Сохранившийся настоятельский корпус, каменный с подвальным этажом, расположенный справа от Святых ворот, был построен на рубеже XVII–XVIII веков.
В 1696 году на средства Андрея Леонтьевича Римского-Корсакова, вельможи Петра I, были сооружены парадные въездные ворота с надвратной церковью Спаса Нерукотворного Образа. В центре, под храмом, устроен широкий сводчатый проезд, а с восточной стороны (под алтарем) – более узкий сводчатый проход. Композицию дополнила небольшая, одной высоты с алтарем, трапезная. С юга и запада храма была устроена открытая галерея – гульбище. Сохранившийся надвратный храм монастыря теперь представляет собою одну из древнейших построек Остоженки.
В 1724 году для Римских-Корсаковых была устроена двухмаршевая лестница со стороны площадки. Владение Римских-Корсако-вых было напротив монастыря с XVII века, а Спасская церковь была их домовым храмом до 1774 года.
В 1766 году была построена церковь «Неопалимой Купины» – кубический одноглавый храм подле собора. Храм был выстроен на средства Анны Михайловны Аничковой. В церкви «Неопалимой Купины», возведенной над могилами сестер святителя Алексия, существовала надпись на надгробном камне, списанная в 1781 году. В поданной в Московскую духовную консисторию описи значилось: «На надгробном камне надпись такова: в 7100-м году на сем месте погребено тело бывшей первой игуменьи Улеянии, сестра родная старица Евпраксия, а по роду сестра родная чудотворцу Алексию».
В 1804–1807 годах на месте древних храмов был возведен грандиозный Рождественский собор. В 1812 году обитель сильно пострадала еще раз: монастырь был разорен французами. Восстанавливался он на средства, отпущенные Синодом, и с помощью благочестивых мирян. Большую роль в восстановлении монастыря сыграл святитель Филарет Московский. Для прохождения иноческого подвига в обитель удаляются многие представительницы знатных семей.
В монастыре имелись две местночтимые иконы Богоматери – «Милостивая» и «Неопалимая Купина». Особо почиталась икона Божией Матери «Милостивая», прославившаяся в народе обилием чудес. Ее необычную иконографию часто сравнивают