Дмитрий Годунов получил повышение по службе – думный чин окольничего. Но такая расстановка сил не удовлетворила честолюбие царских родственников, рассчитывавших на большее. Годуновы посчитали себя достаточно сильными для открытой схватки и начали местнический спор с боярами, заступившими им путь к власти. Предмет спора для тех времен был очень серьезен: от того, кто займет более высокую должность, зависела не только личная карьера боярина, но и служебный успех всего рода на многие десятилетия вперед. Никогда уже потомки проигравшего не смогли бы подняться по служебной лестнице выше, чем потомки победителя. В свою очередь, на победу в споре мог рассчитывать только тот, чьи предки хотя бы раз имели в подчинении кого-либо из предков соперника. Необоснованные претензии на чужое служебное место карались весьма строго. Борьба шла буквально не на жизнь, а на смерть. Противники Годуновых были выданы им головой и казнены. Вотчины местничавшегося с Годуновым князя Тулупова достались победителю в виде трофеев, а место на политическом Олимпе занял триумвират Годуновых – Бельских – Нагих. Они не успокоились, пока не смели всех своих политических противников. Дмитрий Годунов получил боярский чин, не полагавшийся ему по худородству, Борис Годунов – думный чин кравчего, а его свояк Богдан Бельский стал оружничим. Это правительство оставалось у власти почти 10 лет – до самой смерти царя.
В ноябре 1581 г. погиб царевич Иван. Рассказ о том, как Грозный царь убил своего сына, давно стал хрестоматийной историей. Однако современные исследователи уже не столь уверены в причинах смерти царевича. Р.Г. Скрынников пишет, что наряду с побоями, здоровье Ивана пострадало от нервного потрясения. Историк церкви митрополит Иоанн (Снычев) вообще утверждал, что смерть царевича была естественной. Об этом же упоминают и некоторые современники, например, служивший в охране Бориса Годунова наемник Жак Маржерет. Однако известно, что содержание ртути и мышьяка в останках царевича во много раз превосходит ПДК, что свидетельствует об отравлении. Как бы то ни было, смерть наследника престола оказалась исключительно выгодной клану Годуновых. Более того, народная молва обвинила в этой смерти их. Причиной этих слухов послужила перемена в отношениях между Грозным и Борисом: царь стал все чаще проявлять к недавнему любимцу недоверие и неприязнь.
Еще при жизни старшего сына Ивана Грозный выделил Федору огромный удел, превосходящий по размеру любое европейское государство. Заботу о благочестивом Федоре, которого подданные считали блаженным, царь поручил Годуновым. Работа была почетная и несложная, оставлявшая много времени для совершенствования тактики придворных интриг. К тому же, Годуновы сдружились с Федором и приобрели на него огромное влияние. Пока был жив царевич Иван, Грозного это вполне устраивало. Смерть старшего сына все изменила. Федор стал наследником престола, и близкие ему Годуновы слишком усилились. У Федора и Ирины не было детей, да и здоровье нового наследника внушало