Вирус, который сломал планету. Почему SARS-CoV-2 такой особенный и что нам с ним делать
частицы.
В геноме SARS-CoV-2 видны еще три последовательности, с которых, теоретически, могли бы считываться белки – ORF9c, ORF10 и ORF14. Но действительно ли они «работают», или это просто артефакт – неизвестно.
[I] M.-P. Egloff et al., “The severe acute respiratory syndrome-coronavirus replicative protein nsp9 is a single-stranded RNA-binding subunit unique in the RNA virus world,” Proc. Natl. Acad. Sci., vol. 101, no. 11, pp. 3792–3796, Mar. 2004.
[II] Y. Wang et al., “Coronavirus nsp10/nsp16 Methyltransferase Can Be Targeted by nsp10-Derived Peptide In Vitro and In Vivo To Reduce Replication and Pathogenesis,” J. Virol., vol. 89, no. 16, pp. 8416 LP-8427, Aug. 2015.
[III] Там же.
[IV] V. D. Menachery, K. Debbink, and R. S. Baric, “Coronavirus non-structural protein 16: Evasion, attenuation, and possible treatments,” Virus Res., vol. 194, pp. 191–199, Dec. 2014.
[V] K. Siu et al., “Severe acute respiratory syndrome Coronavirus ORF3a protein activates the NLRP3 inflammasome by promoting TRAF3-dependent ubiquitination of ASC,” FASEB J., vol. 33, no. 8, pp. 8865–8877, Aug. 2019.
[VI] Y. Konno et al., “SARS-CoV-2 ORF3b is a potent interferon antagonist whose activity is further increased by a naturally occurring elongation variant,” bioRxiv, p. 2020.05.11.088179, Jan. 2020.
[VII] D. Schoeman and B. C. Fielding, “Coronavirus envelope protein: current knowledge,” Virol. J., vol. 16, no. 1, p. 69, Dec. 2019.
[VIII] “UniProtKB – P59637 (VEMP_CVHSA). Envelope small membrane protein,” UniProt. [Online]. Available: https://www.uniprot.org/uniprot/P59637. [Accessed: 14-Aug-2020].
[XI] M. Frieman, B. Yount, M. Heise, S. A. Kopecky-Bromberg, P. Palese, and R. S. Baric, “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus ORF6 Antagonizes STAT1 Function by Sequestering Nuclear Import Factors on the Rough Endoplasmic Reticulum/Golgi Membrane,” J. Virol., vol. 81, no. 18, pp. 9812–9824, Sep. 2007.
[X] J. K. Taylor et al., “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus ORF7a Inhibits Bone Marrow Stromal Antigen 2 Virion Tethering through a Novel Mechanism of Glycosylation Interference,” J. Virol., vol. 89, no. 23, pp. 11820–11833, Dec. 2015.
[XI] S. R. Schaecher and A. Pekosz, “SARS Coronavirus Accessory Gene Expression and Function,” in Molecular Biology of the SARS-Coronavirus, Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010, pp. 153–166.
[XII] C.-S. Shi et al., “SARS-Coronavirus Open Reading Frame-9b Suppresses Innate Immunity by Targeting Mitochondria and the MAVS/TRAF3/TRAF6 Signalosome,” J. Immunol., vol. 193, no. 6, pp. 3080–3089, Sep. 2014.
[XIII] C.-S. Shi, N. R. Nabar, N.-N. Huang, and J. H. Kehrl, “SARS-Coronavirus Open Reading Frame-8b triggers intracellular stress pathways and activates NLRP3 inflammasomes,” Cell Death Discov., vol. 5, no. 1, p. 101, Dec. 2019.
Глядя на таблицу 1, можно подумать, что мы уже очень много знаем о белках SARS-CoV-2. На самом деле это не так. Большинство представленных здесь сведений получены учеными, исследовавшими вирус SARS. Геномные последовательности SARS и SARS-CoV-2 сходны на 79 %{12}, и большинство белков практически неотличимы друг от друга. Но очевидно, с каждым месяцем исследователи будут лучше разбираться в подрывной деятельности нового коронавируса. Так, предварительный анализ взаимодействия белков SARS-CoV-2 с белками клетки показал, что даже безобидные структурные белки теоретически могут вмешиваться в те или иные иммунные процессы{13}. Чем лучше мы будем понимать, как именно коронавирус воздействует на организм, тем больше у нас будет потенциальных слабых мест, на которые можно нацеливать лекарства.
Об одном белке нового коронавируса нужно упомянуть отдельно. Это nsp14 – фермент, умеющий исправлять ошибки, допущенные при копировании вирусных РНК. В первой главе мы говорили, что РНК-содержащие вирусы отличаются повышенной склонностью мутировать. Одна из причин – помимо нестабильности самой молекулы РНК – это крайне неряшливая работа РНК-зависимой РНК-полимеразы, фермента, который синтезирует новые копии вирусной РНК. По сравнению, например, с ДНК-полимеразами, которые копируют молекулы ДНК, она допускает колоссально много ошибок[8]. Так много, что это угрожает выживанию вируса: если не исправлять их, очень быстро последовательность изменится настолько, что на ее основе нельзя будет синтезировать ни одного работающего белка. Поэтому коронавирусы обзавелись ферментом-пруфридером (от английского proofreading, то есть правка текста корректором,