Разоблачению предшествовало самое тщательное расследование, после которого в Москве объявили, что имя царевича принял беглый чернец Чудова монастыря Гришка, в миру носивший имя Юрия Отрепьева.
Московским властям нетрудно было выяснить историю беглого чудовского монаха. В Галиче жила вдова Варвара Отрепьева, мать Григория, а его родной дядя Смирной Отрепьев служил в Москве как выборный дворянин. Смирной преуспел при новой династии и выслужил чин стрелецкого головы. Накануне бегства племянника он был «на Низу голова стрельцов». Как только в ходе следствия всплыло имя Отрепьева, царь Борис вызвал Смирного в Москву. Власти использовали показания Смирного и прочей родни Отрепьева и при тайном расследовании, и при публичных обличениях «вора». Согласно Разрядным книгам, Борис посылал в Литву «в гонцех на обличенье тому вору Ростриге дядю ево родного галеченина Смирного Отрепьева». Современник Отрепьева троицкий монах Авраамий Палицын определенно знал, что Гришку обличали его мать, родные брат и дядя и, наконец, «род его галичане вси».
Московские власти сконцентрировали внимание на двух моментах биографии Отрепьева: его насильственном пострижении и соборном осуждении «вора» в московский период его жизни. Но в их объяснениях по этим пунктам были серьезные неувязки. Одна версия излагалась в документах, составленных для внутреннего пользования, другая – в дипломатических наказах, адресованных польскому двору. В дипломатических письмах значилось буквально следующее: Юшка Отрепьев, «як был в миру, и он по своему злодейству отца своего не слухал, впал в ересь и воровал, крал, играл в зернью и бражничал и бегал от отца многажда и заворовався, постригсе у чернцы…».
Нетрудно установить, с чьих слов составлен был этот убийственный отзыв о Юрии Отрепьеве. Незадолго до посылки наказа в Польшу в Москву вернулся Смирной Отрепьев, ездивший за рубеж по заданию Посольского приказа для свидания с Григорием-Юрием. Со слов Смирного, очевидно, и была составлена назидательная новелла о беспутном дворянском сынке.
Юшка отверг сначала родительский авторитет, а потом авторитет самого Бога. После пострижения он «отступил от Бога, впал в ересь и в чорнокнижье и призыване духов нечистых, и отреченья от Бога у него выняли». Узнав об этих преступлениях, патриарх со всем Вселенским собором, по правилам святых отцов и по Соборному уложению, якобы приговорили сослать Гришку на Белоозеро в заточение на смерть.
Посольский приказ фальсифицировал биографию Отрепьева. Цели фальсификации предельно ясны. Властям важно было представить Отрепьева как одиночку, за спиной которого не было никаких серьезных сил, а заодно обосновать версию о соборном суде над преступником, чтобы иметь основание потребовать от поляков выдачи «вора».
С дружественным венским двором царь Борис поддерживал куда более доверительные отношения, чем с польским. Поэтому в письме австрийскому императору Годунов позволил себе некоторую откровенность по поводу Отрепьева. Русский оригинал послания Бориса