Туркестанского генерал-губернатора К. П. Кауфмана генералу Столетову говорилось буквально следующее: «… эмир не должен смотреть на сосредоточение наших войск на Аму-Дарье, как на демонстрацию, враждебную Афганистану, а как на силу, ему дружелюбную, на которую он может смело опереться… и положить предел дальнейшим посягательствам англичан на вмешательство во внутренние дела Афганистана…
На случай благоприятного исхода нашего столкновения с Англией, эмир может рассчитывать на восстановление старой восточной границы Афганистана и подчинение ему Белуджистана».
В случае необходимости Столетову разрешалось «не только подавать советы о вреде Англии, но и принять на себя командование афганскими войсками».
По мнению русского историка генерала М. А. Терентьева, высказанному в 1906 году в работе «История завоевания Средней Азии», из содержания инструктажа Столетову следовало, что он может обещать эмиру помощь со стороны России только в случае прямого столкновения России с Англией, «а в случае столкновения с ней самого Афганистана вся помощь наша ограничивалась советами Столетова и в крайности руководством его афганскими войсками…»
5 июля 1878 года главный отряд ТуркВО сосредоточился в 60 километрах к юго-западу от Самарканда в районе урочища Джам, дальнейший маршрут предполагался к Аму-Дарье на Ширабад, Термез и Мазари-Шариф, далее на Кабул.
Ферганский отряд должен был следовать из Маргелана горной Бухарой через Алайский хребет к Кашгару.
Аму-Дарьинский отряд выступил в направлении на Мерв – Герат – Кандагар из Петро-Александровска 15 июля 1878 года.
29 июля 1878 года посольство генерала Столетова вступило в Кабул, где принято афганским эмиром с невиданными ранее для иностранных делегаций почестями.
В августе 1878 года из северной столицы в Ташкент поступает указание, что в связи с мирными договорённостями, достигнутыми на Берлинском конгрессе и улучшением отношений с Англией, выдвижение русских войск в направлении Кашгара, Кабула и Герата отменяется, соответственно корректируются цели миссии Столетова.
Эмир Шир Али-хан
Тем не менее, 9 августа 1878 года эмир Шир Али-хан и Столетов подписывают договор, по которому «российское императорское правительство считает необходимым… оказывать эмиру государства Афганского помощь, содействие и поддержку», в том числе, и вооружённую.
В письме от 9 сентября 1878 года мыслящий на стратегическую перспективу Кауфман просит у военного министра Д. А. Милютина принять решение о дополнительном усилении войск округа двумя пехотными дивизиями и четырьмя полками казаков.
Генерал Кауфман так обосновывает свои соображения:
«…уклониться от этого протектората значит отдать Афганистан не только английскому влиянию, но, может быть, и полному подчинению…
Отказ наш от протектората над Афганистаном на весьма долгое время сделает невозможными какие-либо сношения с этой страной…
Обеспечить себе возможность действовать на этом театре нам необходимо