правом крыле, подле преосвященного Арсения, был погребен епископ Вениамин (Сахновский). На левом крыле Благовещенского собора находились гробницы епископов Феофилакта, Иваникия (Павлуцкого), Иннокентия (Полянского).
Новую страницу в истории Благовещенского собора открыл император Николай I, указом которого от 1 августа 1836 г. при соборе был учрежден монастырь.
Кроме Благовещенского собора, в монастыре были еще две церкви. Строительство Архангельского зимнего собора началось при епископе Тихоне I в 1764 г., закончено было при епископе Тихоне II в 1768 г., в том же году 30 декабря преосвященный Тихон освятил собор. До 1833 г. в нем находись мощи свт. Митрофана. Церковь свт. Митрофана была сооружена в 1839 г. преосвященным Антонием II. В ней служили ранние обедни, при этой же церкви была братская трапеза.
При Благовещенском соборе, как духовном центре епархии, располагалась резиденция правящего архиерея – архиерейский дом. Сначала это был небольшой деревянный дом. Затем митрополит Пахомий (Шпаковский) построил каменные трехэтажные архиерейские палаты. Около 1740 г. епископом Иоакимом (Струковым) были возведены новые каменные постройки: колокольня, кухни и конюшни, фрагменты ограды с угловой башней и святыми вратами в южной линии. Епископ Кирилл (Ляшевецкий) возвел южную ограду с башнями, в 1758 г. начал строительство Консисторского корпуса (в ней впоследствии разместили учителей), которое завершил преосвященный Иоанникий в 1761 г. При епископе Тихоне III (Малинине) с 1784 по 1787 гг. было выстроено новое здание архиерейского дома, а также здание семинарии и конюшенного двора в чертах итальянской архитектуры, по плану архитектора Д. Кваренги, утвержденному Екатериной II. Средства для этого строительства, в сумме 35 тысяч рублей, были выделены из казны. При архиерейском доме была освящена крестовая церковь. В покоях владык находился первый образ свт. Митрофана, написанный в 1830 г. живописцем И. Шевцовым, по благодатному сновидению.
В 1863 г., по ходатайству архиепископа Иосифа, с высочайшего разрешения, при Митрофановом монастыре, в доме, пожертвованном г. Нечаевым, было открыто училище и приют для девиц духовного звания. Содержалось оно на церковные средства, выделяемые, в основном, Митрофановым монастырем.
В 1918 г. безбожниками был зверски замучен архимандрит Благовещенского монастыря Дмитрий. В декабре того же года, на его место был назначен архимандрит монастыря Александр (Кременецкий). При нем, 3 февраля 1919 г. большевиками было проведено кощунственное вскрытие мощей свт. Митрофана. После вскрытия мощи были оставлены в монастыре. В дни Гражданской войны, новые власти стали приспосабливать помещения Благовещенского монастыря для создания концентрационного лагеря.
9 января 1920 г., на третий день Рождества Христова, когда во время богослужения, безбожники ворвались в храм и повесили на царских вратах архиепископа Тихона IV (Никанорова). Отпевание владыки совершил его приемник епископ Владимир (Шимкович). Архиепископ Тихон (Никаноров) причислен Русской Православной