языческим богам. Но Феодор предпочел пострадать за Христа, как и князь его. Убийцы мучили Феодора, как Михаила, и отрезали ему голову.
Тела страстотерпцев были брошены на съедение голодным псам, но звери чудесным образом не тронули их. После подвига Михаила и Феодора татарские ханы крайне редко решались проверять стойкость веры русских людей и их готовность умереть за православную веру и не требовали от русских в Орде исполнения обрядов прохождения сквозь огонь. Мощи святых мучеников были перенесены в Чернигов. Возле мощей случилось множество чудес, и Иван Грозный захотел привезти их в Москву. В 1578 году царь и митрополит Антоний сотворили молитвенное «послание» черниговским чудотворцам с просьбой согласиться на перенос их святых мощей в Москву. В память об этом событии был установлен праздник 14 февраля и построена придельная к храму Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором церковь Михаила Черниговского.
До 1677 года церковь имела название Сретения мощей великого князя Черниговского Михаила. Первый каменный храм был возведен в 1675 году на пожертвования купеческой вдовы Иулиании Ивановны Малютиной. Эта характерная посадская церковь конца XVII века сохранилась до наших дней. Она состояла из трапезной и небольшого четверика с кокошниками, завершенного пятиглавием. С запада осевую композицию замыкала колокольня. В 1740 году к храму с южной стороны был пристроен придел Святой великомученицы Екатерины. Тогда же появился новый декор на фасадах притвора и трапезной, а крыша с кокошниками стала четырехскатной. В 1820—1830-х годах церковь была упразднена и считалась приписанной к храму Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. Придел Святой Екатерины и верхняя часть колокольни были разобраны.
С 1924 года в здании храма Михаила и Феодора Черниговских находился молитвенный дом баптистов. В 1930-х годах храм окончательно закрыли. Вероятной датой закрытия церкви можно считать 1934 год. Об этом свидетельствует запись в каталоге древнерусского искусства Третьяковской галереи о передаче из церкви Черниговских чудотворцев иконы «Троица ветхозаветная с бытием» 1675 года, выполненной мастерами Оружейной палаты. В 1940-х годах главы четверика были разобраны. В 1970-х годах архитекторами А. В. Охом и С. С. Кравченко началась реставрация церкви, в результате которой было восстановлено пятиглавие, покрытое изумрудной глазурованной черепицей, раскрыто завершение с кокошниками, вычинена ограда с решеткой с востока от церкви вдоль переулка.
В 1991 году храм был возвращен верующим, а 3 октября 1993 года, в день памяти Михаила и Феодора Черниговских, заново освящен. Огромную роль в восстановлении прихода сыграл протоиерей Сергий Торопцев. В 1991 году в Богоявленском кафедральном соборе Святейший Патриарх Алексий II рукоположил протодиакона Сергия в священнический сан, а через несколько дней он был назначен настоятелем вновь открытого храма в честь Михаила и Феодора Черниговских чудотворцев. Будучи отличным электриком, плотником и сварщиком, всю работу по подготовке храма к богослужениям отец Сергий проделал собственными