Глазенапа не трогался из-под Дербента впредь до прибытия туда генерала Булгакова, которому и поручались дальнейшие действия. Так, среди блестящих успехов и общего непритворного сожаления в войсках, терявших любимого начальника, оканчивалась деятельность Глазенапа. Он имел, однако, утешение видеть, что план его похода утвержден, хотя и не ему суждено было привести его в исполнение до конца.
По сдаче команды над отрядом Глазенап добровольно остался при войсках и под начальством Булгакова участвовал в покорении Баку и Кубинского ханства. В Баку купцы и граждане подвели в подарок всем генералам дорогих персидских жеребцов, но Глазенап, по принципу не бравший никогда ничего, что ему не принадлежало по неоспоримому праву, один не принял подарка. Подобные правила переходили у Глазенапа в педантичность, с ними он прожил всю свою жизнь, с ними и умер, бедный, как солдат, но с чистой спокойной совестью.
Отлично понимая положение края, Глазенап письмом из Кубы советовал графу Гудовичу послать войска на Эривань, ручаясь за успех. Ту же самую мысль, нужно сказать, проводил и Несветаев. Но граф предоставил честь покорения Эривани лично себе, а отряду приказал возвратиться на линию. Известны печальные последствия, которыми сопровождался поход Гудовича на Эривань, благодаря потере благоприятного времени.
По возвращении войск из-под Дербента начальником Кавказской линии назначен был генерал Булгаков, а Глазенап отправился в отпуск, будучи оскорблен отношениями к нему графа Гудовича.
Как шеф Нижегородского драгунского полка, Глазенап, по истечении срока отпуска, снова вернулся на Кавказ и поселился в Георгиевске. Не занятый теперь массой дел, Глазенап старался соединить около себя городское общество, устраивал концерты, пение, танцы, давал балы, очаровывая всех своей любезностью. Но это была последняя зима, проведенная им на Кавказе. 4 февраля 1807 года он был назначен инспектором Сибирской инстанции и начальником Сибирской линии, а звание шефа Нижегородского драгунского полка перешло от него к полковнику Сталю.
Благородный Сталь, как только узнал о своем назначении, тотчас поспешил в Георгиевск и явился к Глазенапу. «Вот рапорт о состоянии полка, а вот квитанция в исправном его приеме от вас», – сказал он, подавая ему бумаги. Глазенап, приятно удивленный, отвечал: «Вы, Карл Федорович, еще не осмотрелись и, может быть, найдете некоторые недостатки». Сталь возразил на это, что просит считать дело между ними оконченным.
В Сибири деятельность Глазенапа была направлена исключительно на мирное развитие страны и в особенности на устройство внутреннего быта Сибирского казачьего войска. В этот мирный период своей жизни он получил от государя бриллиантовую табакерку с вензелевым изображением имени его величества и орден Святого Александра Невского, а 25 декабря 1815 года назначен командиром отдельного Сибирского корпуса.
В этом звании Глазенап пробыл четыре года и 10 марта 1819 года скончался в Омске, на шестьдесят девятом