Мень был крещен священником «катакомбной» церкви архимандритом Серафимом (Битюковым) в тайном храме маленького неприметного дома в Загорске. Вместе с сыном приняла крещение и Елена Семеновна.
Вот как отец Александр описывал развитие событий в Русской Православной церкви после революции:
«После Октябрьской революции в России существовало два официальных направления Русской Православной Церкви: “обновленческая” Церковь, впоследствии вносившая изменения в обряды и открыто сотрудничавшая с властями, державшими курс на искоренение религии как “предрассудка”, и “тихоновская”. Патриарх Тихон стремился к мирному сосуществованию с государством, но при этом старался избегать тех компромиссов, которые подрывали бы основы церковной жизни.
В 1925 году патриарх Тихон умер. В конце 1920-х годов начались массовые репрессии. Храмы и монастыри закрывались, а многие тысячи священников, епископов, монахов и ревностных мирян отправляли в тюрьмы, лагеря и ссылки под предлогом “борьбы с контрреволюцией”. В это время заместитель патриаршего местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) выступил с официальным заявлением, отрицая наличие религиозных гонений в стране. То есть он, как и обновленцы, пошел по пути сотрудничества с государством, гнавшим Церковь, и полного подчинения ему».
В действительности же, как писал Александр Мень, «натиск, обрушившийся на Церковь, превзошел по своей силе всё, что знала история от времен римских императоров и французской революции».
В декларации митрополита Сергия говорилось о вредительской и диверсионной деятельности «наших зарубежных врагов». «Необходимо показать, что мы, церковные деятели, не с врагами нашего Советского государства и не с безумными орудиями их интриг, а с нашим народом и Правительством», – заявил Сергий. Кроме того, из тактических соображений он фактически шел на целый ряд компромиссов с советской властью с целью сохранения контроля над жизнью Церкви.
Духовенство, не приемлющее проводимую митрополитом Сергием политику лояльности советской власти и отказавшееся поминать богоборческую власть за богослужениями, образовало временные автокефалии епископов на основании разрешения, данного в свое время патриархом Тихоном на случай чрезвычайных обстоятельств. Фактически эти временные автокефалии, как и священники, не принявшие политику митрополита Сергия, оказались в оппозиции к Церкви и советской власти. Они приняли на себя основной шквал репрессий тех лет. И хотя большинство непокорных священнослужителей были арестованы, они продолжали руководить своими духовными чадами из ссылок и лагерей. Те же, кто остался на свободе, перешли на нелегальное положение, тайно руководя своей паствой и совершая тайные богослужения в частных домах. После 1927 года в России возникло явление, получившее впоследствии название «катакомбной» церкви. Ее представители ставили своей целью сохранить в чистоте дух Православия, не сдаваться, вопреки расколам и разномыслиям в церковной среде, и