расцвет острова пришелся на эллинистическую эпоху. Римляне считали Самофракию своей прародиной, потому что Дардан, предок их мифического прародителя Энея, был родом с этого острова. Впрочем, первыми насельниками острова считаются карийцы; их сменили фракийцы, а потом, в VIII в. до н. э., сюда прибыли переселенцы с острова Самос. Островитяне были участниками обоих греческих морских союзов в V и IV вв. до н. э. Потом остров попал под власть македонцев; вслед за ними Самофракию захватывали представители различных эллинистических династий, которых вытеснили римляне.
С временами римского господства связано начало христианской истории острова. Во время своего второго путешествия в Грецию (49–52 гг.) апостол Павел остановился в Троаде. Здесь ему во сне привиделся «некий муж Македонянин», просивший апостола посетить Македонию. Апостол решил, что его видение было вдохновлено Господом, и отправился на север. «Итак, отправившись из Троады, мы прямо прибыли в Самофракию…» (Деяния святых Апостолов. 16, 11). Согласно местному преданию, корабль апостола остановился на ночь в порту Палеополис, на северо-западе острова. Впоследствии на берегу в память этого события была построена трехнефная базилика. При ее сооружении использованы фрагменты античных строений. Во внутренней части храма сохранились остатки арки и стены другой, однопридельной, церкви.
Колонны храма Гиерон
Главной исторической достопримечательностью острова является Палеополис, где расположено святилище великих богов. Его остатки занимают территорию около 50 тыс. м2. На музейной территории можно увидеть развалины различных сооружений VI–II вв. до н. э. Главной постройкой являлось святилище; здесь, в храме Анактарон (около 500 г. до н. э.), происходило посвящение в низшую степень мистерий, а в храме Гиерон, или в Новом храме (около 300–150 гг. до н. э.), совершалась высшая степень посвящения – созерцание. Рядом располагались зал дароприношений, дворец, жертвенник, театр. Свод Арсинои Второй (288–270 гг. до н. э.) считается самой крупной круглой постройкой античной Эллады. В южной части этого археологического заповедника была найдена знаменитая статуя крылатой богини победы Ники Самофракийской, изваянной родосским скульптором Пифокритом около 190 г. до н. э. Статуя вообще-то считается подражанием аналогичной скульптуре крылатой богини, которая создана в конце IV в. до н. э. в африканской Кирене. В настоящее время один из шедевров эллинистической пластики находится в Лувре. Самым старым из раскрытых памятников острова считаются стена циклопической кладки и скальный алтарь, относимый ко II тысячелетию до н. э.
Более тысячи лет Самофракия была под властью Византии. В 1530 г. островом стали править генуэзские дворяне из рода Гаттилузио, но довольно быстро они вынуждены были отдать Самофракию туркам. Остров вошел в состав Греции в соответствии с Лозаннским мирным договором 1923 г.
Самотраки связан паромным сообщением с городами Александруполисом, Кавалой, Лаврионом, а