Антонин высоко оценивал достоинства С. Карафеодори и считал, что привлечение его на сторону России могло бы способствовать установлению более близких отношений с неофанариотскими кругами. В самом деле, семья Карафеодори была более других расположена в пользу сближения с Россией; позднее сын Стефана, Александр, вместе с сыном Николая Аристархиса, Ставраки, действовали в качестве посредников между посольством, Патриархией и неофанариотами; благодаря их сотрудничеству с Н. П. Игнатьевым состоялось избрание угодного России Патриаха Григория VI в 1867 г.[82] Антонин неоднократно настаивал на награждении Карафеодори русским орденом, однако его предложение не было принято: ведь Карафеодори выступал самым непримиримым противником болгарских требований.
Непосредственные служебные обязанности Антонина в Константинополе, связанные с богослужением, обустройством посольских церквей в Пере и Буюк-Дере и встречами по церковно-политическим вопросам, оставляли много свободного времени для занятий научными исследованиями, написания статей и очерков, археологических экскурсий по городу и его окрестностям. Эти занятия нашли подробное отражение в дневнике Антонина, дополняя тот материал, который предоставляют нам его официальные донесения. Впрочем, и сами депеши о. Антонина касались не только текущих политических дел. Так, 13–14 января 1861 г. он составил для Св. Синода проект преобразования русских духовных академий.[83] После одобрения со стороны Лобанова-Ростовского проект под названием «Несколько мыслей» был отправлен обер-прокурору А. П. Толстому. Антонин рекомендовал в качестве ректоров духовных академий архимандрита Порфирия (Успенского), архимандрита Иоанна (Соколова), А. В. Горского и А. Н. Муравьева. С первых дней своего пребывания в Константинополе Антонин проявил большую заботу о приведении в порядок помещения посольской церкви. В церкви были заменены окна, покровы; кроме того, Антонин оставил для нее часть старинных икон, присылавшихся из России для балканских церквей. К концу 1861 г. у него созрел план постройки отдельного здания русской церкви в Пере (с фасадом на Топханскую улицу); он начертил ее план и с согласия посланника писал митрополиту Петербургскому с просьбой о содействии.[84] Однако повторить то, что ему удалось в Афинах, в Константинополе суждено не было. Проект был отвергнут МИДом. «От князя получил известие, что мечты наши о постройке здесь отдельной церкви признаны министерством за то, что суть на самом деле», – пишет он 19 января 1862 г.[85] Предметом особой заботы Антонина во всех местах его служения было хорошее церковное пение, что он считал важным для поддержания авторитета России среди единоверцев и существенным элементом миссионерства. Состав певчих в Константинополе не мог оставить его равнодушным, что нашло выражение в письме к Игнатьеву от 12 сентября 1864 г. В последующие годы, уже будучи в Иерусалиме, Антонин продолжит обсуждение этого вопроса и адресует