Во-вторых, в конце июля 1608 г. с польским отрядом, в который входили Марина Мнишек, ее отец и польские послы, был отправлен к западной границе дьяк Разбойного приказа Д. Раковский, служивший в нем как минимум с 1604 г. Это последнее известное нам упоминание о данном учреждении вплоть до 1613 г. После свержения Василия Шуйского Разбойный приказ, вероятно, либо совсем перестал функционировать, либо его существование носило эфемерный характер. В условиях, когда Москва почти постоянно подвергалась атакам ополчений, поддерживаемых многими уездами, и большая часть страны не подчинялась столичным властям, а некоторые регионы признали новых самозванцев, контроль Разбойного приказа над губными учреждениями на местах был практически невозможен.
Первое народное ополчение 30 июня 1611 г. приняло приговор, в котором определялись его организационные основы. В числе прочего руководителями ополчения было решено воссоздать Разбойный и Земский приказы «как преж сего на Москве было» для борьбы с воровством, разбоями, убийствами «на Москве в полках и под Москвою, и по городам, и в волостех или по дорогам». Неизвестно, действительно ли Разбойный приказ занял свое место в административной структуре Первого ополчения, но раз ополчение стремилось взять всю власть в свои руки, то оно должно было установить контакт с губными старостами. По-видимому, подобным образом действовало и Второе ополчение. Нет точных данных, существовал ли в его составе Разбойный приказ, но, несомненно, дьяки из ополчения хотя бы отчасти выполняли его функции. Например, в Шую, последовательно поддерживавшую Нижегородское ополчение, в 1611/12 году прибыл только что назначенный губной староста Посник Калачов. Традиционно назначение губных старост было одной из прерогатив именно Разбойного приказа.
Губные власти в Новгороде попали в распоряжение шведского оккупационного правительства, о чем свидетельствует челобитная губных старост Шелонской пятины, поданная в декабре 1612 г., в которой они просили дать конкретные указания по вопросам организации губного дела, не прописанным в полученном ими наказе.
Из этих и других фактов можно сделать очевидный вывод, что в эпоху Смуты Разбойный приказ пребывал в состоянии кризиса, так как его связь с агентами на местах была чрезвычайно зыбкой. Вообще, на территориях, где московское правительство не имело власти, функции Разбойного приказа брали на себя те, кто контролировал эти территории. Однако нам неизвестно о создании альтернативного Разбойному приказу учреждения ни у одной из сил, противостоявших центру.
Практически сразу после освобождения Москвы от польского гарнизона началось восстановление системы приказов Московского государства. Документы старого приказного делопроизводства находились в крайнем беспорядке, а не собрав и не систематизировав их вновь, запустить работу центральных государственных учреждений было едва ли возможно. Составители Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года едва ли смогли бы кодифицировать законодательные