Джефферсон создавал определенный баланс, поскольку при Адамсе назначались почти исключительно федералисты.
При всем этом основная часть назначенных ранее федералистов оставалась на своих постах. Они отплатили новому президенту благодарностью, часть из них вообще перешла в лагерь республиканцев-демократов, что наряду с другими факторами способствовало значительному падению влияния федералистской организации. Кадровая политика Джефферсона создала традицию, укоренившуюся в США: при формировании новой президентской администрации оставлять на своих постах часть чиновников, невзирая на их партийную принадлежность. При этом высшие посты отдавались тем, кто наиболее активно поддерживал будущего победителя.
Стремясь к превращению США в правовое государство, президент уделял особое внимание созданию стройной, имеющей четкие полномочия и в то же время экономичной судебной системы. По его предложению были отменены некоторые положения акта Конгресса, принятого в самом конце президентства Адамса, который позволил ему осуществить «полуночные назначения» судей. Число членов Верховного суда сократилось до пяти (вместо шести), что позволяло избежать патового положения (то есть равного числа голосов при вынесении решений). Одновременно были ликвидированы суды графств, полномочия которых передавались судам более высокого уровня (окружным). Это позволило устранить многих судей, назначенных Адамсом, в частности в округе Колумбия (только в нем назначил 42 судей). Их увольнение, которое мотивировалось прежде всего экономией средств, носило политический характер: враждебно настроенные к президенту судьи столичного округа сильно мешали, да и просто раздражали Джефферсона. Теперь обстановка стала более благоприятной. Но главное, из ведения Верховного суда изымались все «конкретные вопросы», то есть не связанные с толкованием Конституции и с определением соответствия федерального законодательства основному закону страны. Так на практике происходила определенная «федерализация» демократа-республиканца Джефферсона, который все более осознавал необходимость сохранения и укрепления централизованного государства.
Не во всех случаях юридические акции президента приводили к успеху. В 1803 г. он потребовал принудительной отставки на основе импичмента одного из судей Верховного суда Сэмюэля Чейза, назначенного еще Вашингтоном. Чейз был обвинен в партийных пристрастиях, так как в одном из выступлений заявил, что демократы-республиканцы «угрожают миру, порядку, свободе и собственности». Вопрос рассматривался в Конгрессе. Но президента не поддержали не только федералисты, но и некоторые его однопартийцы, заявлявшие, что обвинения против Чейза напоминают инвективы, содержавшиеся в законе о подстрекательстве к мятежу, осужденном и отмененном по инициативе самого Джефферсона. Чейз был оправдан, а в США больше никогда не прибегали к попыткам отрешения членов Верховного суда от должности.
Экономическая