Повстанческой армии – Команданте. Также Эрнесто занимался созданием инфраструктуры на занятых территориях, основал газету «Кубано либре» и запустил трансляции «Радио Ребельде», что позволяло повстанцам вести собственную пропаганду. Гевара был возможно самым одарённым среди «барбудос» военачальником. Храбрый и физически выносливый, несмотря на частые приступы астмы, он всегда был рядом с подчинёнными, за что они его уважали.
В августе 1958 года по приказу Фиделя Кастро колонна партизан под командованием Че Гевары начала продвижение в центральную часть Кубы. Стремительный захват Санта-Клары, столицы провинции Лас-Вильяс, осуществлённый бойцами Гевары в последние дни декабря, стал решающей битвой и победой Революции. Заняв этот город, повстанцы открыли дорогу для наступления на Гавану, и в новогоднюю ночь Батиста бежал с Кубы. К тому времени Гевара уже был полноценным лидером Революции наравне с братьями Кастро и Камило Сьенфуэгосом.
1 января 1959 года Фидель Кастро объявил о победе Революции. С января по июнь 1959 года Че Гевара занимал должность начальника гарнизона Ла-Кабаньи, комплекса крепостных строений на окраине Гаваны. Там он руководил заседаниями трибуналов, которые рассматривали дела обвиняемых в военных преступлениях в годы правления Батисты. За ним было последнее слово при вынесении приговора, и он лично изучал свидетельские показания. Суды начинались каждый вечер в 21 час и длились до трёх часов ночи. По свидетельствам одного из помощников Че, в крепости из более тысячи военнопленных были казнены 55, которых суд признал виновными. Осужденного привязывали к деревянному шесту, и расстрельная команда получала приказ: «Готовься! Целься! Огонь!».
Особенность кубинских расстрельных команд заключалась в том, что у всех восьми солдат были боевые патроны, тогда как по традиции по крайней мере одно ружьё заряжали холостыми, чтобы никто из приводивших приговор в исполнение не знал, чья именно пуля стала смертельной. В казнях принимал участие американец Харман Маркс, ветеран корейской войны, негодяй и подлец, совершивший много преступлений, вплоть до изнасилований. Он присоединился к повстанцам в мае 1958 года и стал у них инструктором по стрельбе. Как писал Джон Мартино в книге «Я был пленником Кастро», Маркс был настоящим садистом, он издевался над осужденными и особенно любил добивать их контрольным выстрелом в голову. Грэм Грин встретил Маркса в баре «Флоридита», когда снимал фильм «Наш человек в Гаване», и тот пригласил его посмотреть расстрел, но писатель отказался (почти как агент ЧК Блюмкин приглашал поэта Есенина посмотреть расстрелы буржуев). Мартино сообщал, что позже Маркса поймали на воровстве, и он покинул Кубу, в США его позже арестовали и далее его следы пропали в истории.
Чтобы сломить волю заключённых, особенно контрреволюционеров, их иногда водили на казнь, но расстреливали холостыми патронами. Как писал тогда социолог Хуан Кларк в книге «Куба: миф и реальность», после такого расстрела многие заключённые теряли сознание. Их приводили в чувство