1853 года о. Макарий занимался только старчеством, сложив с себя обязанности скитоначальника и братского духовника и передав эти обязанности старшему иеромонаху Пафнутию. Только некоторых монахинь и мирских особ продолжал он еще принимать к себе на исповедь до конца жизни, уступая усиленным желаниям их и просьбам.
Преемник старца Макария отец Амвросий
Перед кончиной старца о. Макария некоторые из духовных дочерей его обращались к нему с вопросом: к кому он благословит относиться после его кончины? В ответ на это о. Макарий указывал некоторым лицам на о. Амвросия, а иным (как, например, игуменье Белевского монастыря и Н.П. Киреевской) – на келейного своего иеромонаха Илариона.
Между тем еще в 1846 году епископ Николай пригласил о. Амвросия словесно, при старшей братии, быть помощником о. Макария по духовничеству. И он, о. Амвросий, помогая в духовничестве, трудился также в ведении переписки о. Макария с разными лицами и в переводах святоотеческих книг. Но вскоре, по рукоположении в иеромонаха, впал в неизлечимую болезнь, в богослужениях не участвовал и, наконец, по указу Св. Синода, зачислен был в 1848 году в число заштатных иеромонахов. Поэтому об о. Амвросии и его духовных дарованиях посторонние лица долго не знали. Посетители же о. Макария, встречая постоянно, около 20 лет, келейником при нем о. Илариана, по большей части стали по кончине о. Макария относиться к о. Илариону как к старцу.
Братия же Пустыни и скита имели определенного епархиальным начальством общебратского духовника – скитоначальника иеромонаха Пафнутия. Старцем же по смерти о. Макария был о. Амвросий (кроме некоторых, имевших откровение к о. Илариону).
Выбор настоятеля отца Исаакия
К погребению архимандрита о. Моисея прибыл в Оптину Пустынь калужский епископ Григорий. По предании тела земле владыка благословил братию избрать (по уставу общежительных монастырей) из своей среды настоятеля.
Выбор сей был произведен под руководством ректора Калужской духовной семинарии, и по большинству голосов оказался избранным в должность настоятеля братский духовник и скитоначальник иеромонах Пафнутий (из дворян). Но так как выбор сделан был не единогласно, как предполагал преосвященный Григорий, то он, посоветовавшись со старцем о. Амвросием и некоторыми старшими иеромонахами, назначил настоятелем Пустыни скитского иеромонаха Исаакия.
Соответственно сему назначению последовали в администрации Пустыни следующие перемены. Скитоначальник и духовник иеромонах Пафнутий переведен в настоятели Малоярославецкого монастыря. Бывший келейник о. Макария иеромонах Иларион назначен начальником скита и братским духовником. Казначей Пустыни иеромонах Савва по старости лет отказался от сей должности и указом Консистории уволен 7 сентября 1862 года, на место же его избран был о. Исаакием скитский иеродиакон Флавиан.
Настоятель отец Исаакий
Отец Исаакий (в мире Иван Иванович Антимонов) – сын богатого курского купца, почетного гражданина (имевшего от двух браков 13 детей), торговавшего скотом и арендовавшего рыбные ловли в Черноморье. Будущий отец Исаакий