Из матросов на «Орле» остался только один. Гардемарины были распределены по всем специальностям от сигнальщиков и комендоров до трюмных и кочегаров включительно. Миноносцы стали к стенке. «Бойкий» был сдан англичанам в Гонконге, а через некоторое время «Грозный» передан французам в Сайгоне. «Орел», обратившийся из вспомогательного крейсера в учебный транспорт, стал в ожидании лучшего возить грузы между Гонконгом, Сайгоном и Хайфонгом.
В ноябре 1918 года распоряжением прибывшего в Сибирь адмирала Колчака были направлены во Владивосток все гардемарины Морского корпуса, Морского инженерного училища и Отдельных гардемаринских классов, а также юнкера флота. Из Индокитая в том же ноябре прибыла первая большая партия – пять офицеров и 62 гардемарина. В Шефнеровских казармах, в помещении школы специалистов было восстановлено Морское училище. В апреле 1919 года Морскому училищу пришлось принять участие в военных действиях против красных.
Летом велись практические занятия гардемарин на канонерской лодке «Маньчжур» – брейд-вымпел начальника учебного отряда капитана 1-го ранга Китицына. К «Маньчжуру» был тогда же прикомандирован миноносец «Смелый». В учебный отряд входили: посыльное судно «Якут», ледоколы «Улисс» и «Диомид». В декабре вернулись во Владивосток из-за границы миноносцы «Бойкий» и «Грозный» и вспомогательный крейсер «Орел»; таким образом гардемаринский отряд увеличился вдвое.
К половине января 1920 года, после того как взбунтовалась инструкторская школа на Русском острове, во всем Приморье единственными надежными воинскими частями остались Морское училище и Военно-морская учебная команда – 70 матросов под командой известного уже нам капитана 2-го ранга Потолова. Ввиду создавшегося критического положения была решена эвакуация Владивостока. Командующий морскими силами контр-адмирал М.А. Беренс приказал начальнику училища капитану 1-го ранга Китицыну сформировать отряд судов особого назначения из всех способных двигаться кораблей Сибирской флотилии, исключая миноносцы. Увы, их оказалось по разным причинам немного. М.А. Китицыну удалось захватить только «Орел», «Якут» и ледокол «Байкал».
Гардемарины снова были распределены по всем специальностям. На корабли были взяты около 500 человек флотилии с членами их семейств, но с выходом еще медлили. Обстановка была очень сложная. Помимо несогласия между морским и сухопутным командованием, на Владивостокском рейде стояли корабли союзников. Они не хотели разрешать отхода отряда из Владивостока. Только личное вмешательство японского флагмана разрешило вопрос.
Ночью с 30-го на 31 января 1920 года контр-адмирал Беренс прибыл на «Орел» и дал приказ об эвакуации. В 5 часов утра ледокол «Байкал», ломая лед, начал выводить «Орла» и «Якута» из Золотого Рога. Большую опасность представляли батареи Русского острова, но они не проявили признаков жизни. Ледокол «Байкал», пожелав счастливого плавания, вернулся затем во Владивосток. «Орел» и «Якут» направились в Цуругу, имея небольшой запас провизии,