Шуйские, как бы из милости к Иоанну, обещали оставить Воронцову жизнь, но били его, а затем заключили в тюрьму. Иоанн просил их вторично, если нельзя оставить его любимца в Москве, то хоть послать на службу в Коломну, но государя не послушали, и Воронцов был сослан в Кострому; эти переговоры за Воронцова вел от имени великого князя митрополит Макарий, причем ему пришлось вынести от Шуйских немало оскорблений; один из их сторонников, Фома Головин, споря с Макарием, в знак презрения даже наступил ему на мантию и изодрал ее ногами.
Торжество Шуйских продолжалось после этого возмутительного насилия над Воронцовым, совершенного с полным пренебрежением к личности государя, до 29 декабря 1543 года. В этот день Иоанн, еще не достигший 14-летнего возраста, встал во время заседания думы и, неожиданно для всех, твердым и властным голосом начал перечислять вины и беззакония временщиков, захвативших власть, а затем приказал схватить главнейшего из виновных – князя Андрея Шуйского – и передать его в руки псарям, чтобы отвести в тюрьму. Но псари переусердствовали и по дороге убили Шуйского. Его же сообщников, Феодора Скопина, Фому Головина и других, разослали по разным местам.
«С той поры, – говорит летописец, – начали бояре от государя страх иметь и послушание».
Конечно, Иоанн, умный и впечатлительный от природы ребенок, оставленный после смерти матери без всякого призора и постоянно оскорбляемый в своих лучших чувствах, должен был уже с самого раннего детства задумываться над своим положением: во время приема послов и при других торжественных случаях ему оказывались величайшие почести, но в обыденной обстановке он видел, что бояре, оказывавшие ему такое почтение при народе, обращались с ним в высшей степени пренебрежительно. Рано выучившись грамоте и проявив к ней большие способности, государь, по-видимому, уже с детства стал охотно читать Священное Писание, русские летописи, Римскую историю, Творения Святых Отцов и с жадностью искал в них ответы на мучивший его вопрос о том, что же собственно такое государь великой державы, какие его права и как к нему должны относиться другие люди?
Конечно, он задавал эти вопросы и окружавшим его боярам, захватившим власть в свои руки; они же вместо того, чтобы стараться воспитывать в своем повелителе те душевные свойства, которые столь необходимы правителям, и посвящать его в трудное дело устроения государства, как это делали старые доблестные московские бояре времен Димитрия Иоанновича Донского, старались, наоборот, отвлечь его внимание в другую сторону и потакали развитию в нем любви ко всякого рода забавам, не исключая и самых жестоких. «Егда же начал приходити в возраст, аки лет в дванадесять, – говорит про малолетство Иоанна его современник князь Андрей Курбский, – начал первее бессловесных (животных) крови проливати, с стермнин высоких мечуще их (…с крылец або с теремов), також и иные многия неподобныя дела творити…». Когда же Иоанн приблизился к 15-му году, продолжает Курбский, то принялся