“Аскольде” я пробыл до гибели адмирала Макарова, которая произошла на моих глазах 31 марта. После гибели адмирала Макарова я был назначен на очень короткое время на миноносец “Сердитый”, в качестве командира. На этом миноносце, после того как я вступил в командование, я не рассчитал своих сил, которые уже за все это время были подорваны, – я получил очень тяжелое воспаление легких, которое меня заставило слечь в госпиталь… Результат пребывания на севере – ревматизм и общее положение дел, при котором центр тяжести войны переносился на сухопутный фронт, заставили меня в сентябре просить назначения на сухопутный фронт… Я вступил в крепость, командовал там батареей морских орудий на северо-восточном фронте крепости и на этой батарее я оставался до сдачи Порт-Артура, до последнего дня, и едва даже не нарушил мира, потому что мне не было дано знать, что мир заключен».
Колчак дает довольно скромную оценку своего участия в войне. Однако он неоднократно отличался в ее ходе мужеством и стойкостью, знаниями и опытом, принимал участие в целом ряде морских и сухопутных боев и столкновений. Уже 15 ноября 1904 г. за «сторожевую службу и охрану прохода в Порт-Артур, обстреливание неприятельских позиций на “Сердитом”» он жалуется орденом Святой Анны IV степени с надписью «За храбрость». В последующие годы за отличие под Порт-Артуром он награждается также золотой саблей с надписью «За храбрость», орденом Св. Станислава II степени с мечами, серебряной медалью в память Русско-японской войны и нагрудным значком для участников обороны Порт-Артура.
Уже относительно давно в нашей стране были впервые опубликованы в журнале «Советские архивы» (1990. № 5. С. 62–74) дневники Колчака периода Русско-японской войны, представляющие собой яркую хронику трагических событий и показывающие их автора в качестве прекрасного военного специалиста и просто наблюдательного человека, не лишенного явных литературных способностей. Последняя запись в дневнике помечена 22 декабря 1904 г. (4 января 1905 г.), когда Порт-Артур уже пал, и заканчивается она скорбными словами: «К вечеру я снял посты и оставил только дневальных на батареях и увел команду в город. Ночь тихая, и эта мертвая тишина… кажется чем-то особенным, неестественным».
В эти дни Колчак уже еле держался на ногах из-за ранения и приступа суставного ревматизма. Попав вскоре в госпиталь, он не мог быть эвакуирован и оказался в японском плену. Сначала его перевезли в Дальний, потом в Нагасаки, откуда Колчак вместе с группой больных и раненых офицеров был отправлен через Америку в Россию в апреле 1905 г. В Петербурге комиссия врачей признала его «совершенным инвалидом», дав четырехмесячный отпуск для лечения на водах. После отпуска Колчак вновь поступил в распоряжение Академии наук, продолжая исследования в физической обсерватории и систематизируя все наработанное в период своих полярных экспедиций. В печати появился целый ряд его научных трудов, а сам он был награжден за весомый вклад в исследование российских полярных просторов высшей научной