Правительство области. Формально он подотчетен и подконтролен Калининградской областной думе и органам исполнительной власти РФ в пределах их компетенции. Губернатор Калининградской области назначается Президентом РФ и его полномочия определены Уставом Калининградской области. Губернатор Калининградской области осуществляет исполнительную власть через систему органов, куда входит: Правительство Калининградской области и иные органы исполнительной власти, формируемые губернатором. Правительство Калининградской области является высшим органом исполнительной власти и осуществляет планирование, разработку бюджета, управление собственностью области, выработку, реализацию экономической и инвестиционной политики, социальную защиту населения и др.
Функции администрации Особой экономической зоны в Калининградской области возложены на Министерство экономики Калининградской области.
Структура администрации, переименованная в Правительство Калининградской области, приобрела новую форму, закрепив за губернатором непосредственное управление всеми министерствами. Основной задачей нового правительства в части развития экономики стала реализация механизма управления экономикой региона на основе закона об ОЭЗ в Калининградской области.
К недостаткам новой структуры механизма управления можно отнести замкнутость управления советников губернатора исключительно на самого губернатора, что как показывает практика, часто делает не эффективным содержательную коммуникацию, противопоставление таких сфер деятельности, как социальная и территориальная, реального и экономического секторов, разделение управления по сферам деятельности и секторам экономики, разделение экономического сектора и службы по государственному регулированию цен и тарифов.
Также можно заметить, что в схеме в равном подчинении находятся четыре агентства, одно министерство, две службы. Туда же отнесены три таких сектора, как социальный, реальный и экономический. Стрелки показывают, что все это находится в подчинении губернатора, и он принимает решения по каждому вопросу этих секторов, так как обратная связь отсутствует.
Также из схемы следует, что именно губернатор является компетентным во всех вопросах, поскольку даже управление советников принимает только входящие сигналы.
Однако подобная схема не исключает функций оперативного вмешательства Правительства как в сам механизм управления развитием экономики Калининградской области, так и в процесс реализации экономической политики. Об этом свидетельствуют постановления Правительства Калининградской области, регламентирующих порядок оформления, выдачи и отзыва годовых сертификатов происхождения товаров в приложении к распоряжению Администрации Особой экономической зоны в Калининградской области от мая 2006 года №11-р о порядке оформления, выдачи и отзыва