Люнебурге молодой музыкант пробыл три года, то есть до 1703 года, и за это время имел хороший случай усовершенствоваться в игре на органе, не забывая также ни клавесина, ни скрипки, которая должна была очень пригодиться ему в самом ближайшем будущем. Что касается вокальной музыки, то практика в ней становилась его обязанностью при постоянном участии его в церковном хоре.
По отношению к музыкальному развитию будущего композитора эти три года пребывания в Люнебурге оказались столь же важными, как и полезными. В возрасте от пятнадцати до восемнадцати лет рано развившийся юноша уже умел относиться к искусству совершенно сознательно. Внимательно изучая доступные ему произведения знаменитых тогда мастеров музыкального искусства, он обстоятельно знакомился с особенностями и характером каждого из них. Сравнивая же между собою различные приемы творчества и выделяя для себя техническую сущность их, Себастьян постепенно, совершенно опытным путем, усваивал себе главные основания теории композиции. Далее, конечно, следовали попытки приложить добытые сведения к своим собственным, вначале подражательным опытам творчества, где он копировал некоторых излюбленных авторов. Что касается музыки, какую уже с этого раннего времени особенно любил он, то это была музыка церковная, а любимым средством ее передачи был орган. Все способствовало влечению молодого музыканта именно к церковной музыке: и семейные религиозные традиции, столь живые и сильные в нем самом, и повсеместное, господствовавшее преобладание церковной музыки в Германии того времени, наконец, самое пребывание его при монастыре Святого Михаила, где постоянно и исключительно звучала все та же церковная музыка и любимый его инструмент – церковный орган. Таким-то образом музыкальные впечатления юности, постоянно накапливаясь в душе композитора, постепенно, но прочно и бесповоротно определили господствующее направление всей его будущей музыкальной деятельности, его специальность творца церковной музыки.
В конце люнебургского периода жизни музыканта мы застаем его совершающим ряд маленьких путешествий, предпринятых с музыкальными целями. Очарованный произведениями, какие в то время изучал, Себастьян горел естественным желанием увидеть и услышать их знаменитых авторов. Таким образом, он успел побывать в Гамбурге, где проживали известный органист Адам Рейнкен и композитор Кейзер; в Целле, который славился своей французской инструментальной капеллой; здесь молодой музыкант имел случай едва ли не впервые познакомиться с произведениями тогдашней французской музыки, причем оказалось, что она произвела на него очень ощутимое впечатление. Особенное внимание музыканта привлекли к себе произведения композитора Куперена (Couperin), и следы влияния французского маэстро заметны даже в некоторых последующих работах Баха. Несколько позже такое же артистическое паломничество было им совершено в Любек, где проживал знаменитый и особенно уважаемый Бахом органист