Александр II утвердил новый устав Петровской земледельческой и лесной академии. В новом уставе говорилось: «Петровская земледельческая и лесная академия есть высшее учебное заведение, имеющее целью дать молодым людям научное образование по сельскому хозяйству и лесоводству». В учебный процесс вводились сдача переводных и выпускных экзаменов, требовалось обязательное посещение занятий. Учащихся стали именовать не слушателями, как ранее, а студентами. Срок обучения увеличивался с трех до четырех лет. В академии вводилась должность декана. Первым деканом стал Василий Тарасович Собичевский, прослуживший в академии 16 лет.
По императорскому указу годовой бюджет академии превысил 145 тысяч рублей, а срок обучения студентов был увеличен до четырех лет. В Петровскую академию стали принимать выпускников классических гимназий и реальных училищ, а также лиц с высшим образованием. За период с 1872 по 1887 год резко выросли основные качественные показатели деятельности Петровской академии. Так, из 264 студентов, обучавшихся в эти годы, полноценное высшее сельскохозяйственное образование получили 210 человек (79,6%). Еще выше были итоговые показатели по лесному отделению вуза, из 314 его студентов полный курс обучения завершили 285 человек (87,7%). Самый важный итог работы Петровской земледельческой и лесной академии в 70—80-е годы XIX века заключался в том, что 78,3% ее выпускников по сельскохозяйственному отделу и 96,9% по лесному работали в Российской империи по полученной специальности.
30 мая 1889 года Петровская земледельческая и лесная академия была преобразована в Сельскохозяйственную академию, с увеличением государственных расходов на ее содержание до 177590 рублей в год. Выпускникам Петровской сельскохозяйственной академии стали присваивать звания агрономов 1 и 2 разрядов или ученую степень магистра сельскохозяйственных наук. При вступлении этих лиц в государственную службу они утверждались императором соответственно в чинах X, XII и IX классов Табели о рангах.
Утвержденное одновременно Положение о Петровской сельскохозяйственной академии было выдержано в духе Общего устава императорских российских университетов 1884 года с учетом практики его действия в последующий период. В 1890 году утвердили Устав, который уточнил и конкретизировал упомянутое Положение. Наиболее существенным моментом новых документов следует признать требование об обязательной сельскохозяйственной практике для младших курсов с 1 июня до 1 сентября. Время с 1 мая до 1 октября у студентов третьего курса отводилось на практические занятия в вузе, а у студентов четвертого курса – для практики в частных хозяйствах.
Переход на новое обучение, сообразованное с Положением 1890 года, реализовать так и не удалось. Прокатившиеся по стране студенческие волнения затронули и студентов Петровской академии, прием новых студентов был прекращен. В том же 1890 году последовало негласное распоряжение