Военная обстановка в районе Царицына в то время была чрезвычайно сложной. Кубанская область была занята Добровольческой армией Деникина, Сальский округ – Донской армией белых, с Украины наступали немцы, на Царицын двигалась 40-тысячная армия генерала Краснова. Революционные войска были разбросаны на большом пространстве, плохо организованы, в их среде стали привычными анархизм и обыкновенный бандитизм. Все это Снесареву было знакомо по службе последних месяцев в старой армии.
И новую службу он начал с изучения обстановки и наведения порядка в войсках, определения задач войсковым частям, налаживания связи между ними. На стороне Белых было много его товарищей по службе в старой армии, участию в Мировой войне. Но Гражданская война развела их по разные стороны. Своей задачей А. Е. Снесарев видит такую организацию военных действий, которые вели бы к уменьшению братского кровопролития. На основании распоряжения Высшего военного совета от 9 июня 1918 года Снесарев разработал план обороны Царицына, изложил его в приказе № 4 от 23 июня 1918 года. В результате этих и других мер к середине июля 1918 года в Северо-Кавказском военном округе были созданы регулярные части Красной армии численностью до 20 тысяч человек. Была организована оборона дальних подступов к Царицыну, положение стабилизировалось. Таким образом, Снесарев является организатором Северо-Кавказского военного округа, который сыграл важную роль в дальнейших военных событиях.
Но не все красные командиры и комиссары с должным доверием отнеслись к приказам и распоряжениям военрука округа. Происходит серьезное столкновение между Снесаревым и находившимися в то время в Царицыне Сталиным и Ворошиловым. Дело дошло до ареста Снесарева и его штаба. Москва потребовала немедленно освободить Снесарева и выполнять его распоряжения. К счастью, в условиях господства местнического самоуправства первая часть требования была выполнена: Андрей Евгеньевич был освобожден. Приехавшая московская комиссия приняла соломоново решение: Сталина и Ворошилова оставить в Царицине, а Снесарева назначить на другую должность.
После подписания Брестского мира для прикрытия западных рубежей была создана Завеса – своеобразная линия фронта между войсками кайзеровской Германии и частями Красной армии. Командующим западным участком Завесы и был назначен А. Е. Снесарев. Войска Завесы составляли Западную армию, которая потом была переименована в Белорусско-Литовскую, а затем в 16-ю армию, штаб которой дислоцировался в городе Смоленске. Хотя армия была в плохом состоянии по всем показателям (по снабжению, вооружению, моральному состоянию и кадровому составу), но она выполняла поставленные перед ней задачи по занятию освобождаемых от немцев районов Белоруссии и Литвы.
В августе 1919 года Снесарев назначается начальником Академии Генерального штаба РККА. Ее формирование началось в конце 1918 года и до назначения Снесарева начальником еще не было полностью завершено. Только началась разработка учебных программ