Но в этот раз скрыться удалось гораздо быстрей—переулками. Наученные горьким опытом, на поезд родственники уже не садились и, пройдя пешком 70 километров, добрались в родную деревню. Там Алексея и приютила родная семья.
Тем временем жизнь в уже советской Западной Белоруссии налаживалась. В родных местах Ботяна открылись педагогические курсы, которые он и закончил с отличием, сразу же получив назначение – заведующим начальной школой в деревне. Через какой-то время он вступил в комсомол.
В мае 1941 года Алексей Ботян по путевке комсомола был направлен в органы НКВД.2 Окончание разведшколы совпало с началом Великой Отечественной войны. В июле 1941 года был откомандирован в ОМСБОН. Зимой 1941 года он участвовал в битве за Москву. Вместе с однополчанами занимался минированием дорог в районе Яхромы, а 7 ноября в день знаменитого парада на Красной площади, он со своим взводом нес дежурство в Колонном зале Дома союзов.
За линией фронта
В конце 1942 года была организована для заброски в тыл немецких войск оперативная группа 4-го управления НКВД из 10 человек – девять разведчиков и радист. В эту группу под командованием капитана пограничных войск НКВД Пигушина был зачислен и Алексей Ботян. Вместе с такими же группами Петра Перминова и Виктора Карасева их переправили в январе 1943 года под Старую Руссу (Новгородская область) для перехода линии фронта.
В первый раз перейти линию фронта не удалось. Фронтовая разведка наткнулась на немецкие посты. Довелось советским бойцам попасть и под сильную немецкую бомбежку, но никто не пострадал. На вторую ночь в немецкой обороне была найдена брешь, и бойцы опергруппы спокойно, без боя, прошли через немецкие заграждения. Остановились отдохнуть в ближайшей деревне, но когда местные жители рассказали, что немцы с утра уже побывали здесь, чекисты двинулись в путь, и, пройдя лесами, оказались на территории, занятой партизанскими отрядами. В бои омсбоновцы не ввязывались. Их ждало особое задание. Они должны были проникнуть на Украину, где (в отличие от оккупированной территории РСФСР и Белоруссии) еще не было массового партизанского движения, особенно в южной части. Советские разведывательные группы, забрасывавшиеся на Украину в 1942 году, захватывались немцами почти сразу же, при активной помощи местного населения. Этому способствовала соответствующая политика немецких оккупационных властей, которые до поры заигрывали с украинскими националистами, пленных красноармейцев-украинцев в начале войны отпускали домой.
Перед тремя группами была поставлена задача – организовать базу для ведения разведовательно-диверсионной работы на Украине, в том числе и в Киеве. В Мухоедовских лесах, на границе Житомирской, Киевской и Гомельской областей, в районе, уже занятом партизанами (действовала там и разведгруппа командира-омсбоновца Евгения Мирковского), в 5 километрах