Великой Отечественной войны принял командование батальоном, воевал на Юго-Западном фронте, участвовал в приграничном сражении. После гибели командира полка на подступах к городу Киев собрал остатки полка и вывел их на формирование в район ст. Дарница.
В августе 1941 года- старший лейтенант М. К. Акопов назначен начальником штаба разведывательного батальона, а затем командиром батальона.
С сентября 1941 года- командир разведывательной роты формируемой 33-й танковой бригады.
С января 1942 года- заместитель командира 28-го танкового батальона 28-й отдельной танковой бригады.
С марта 1942 года- командир 28-го танкового батальона, 28-й отдельной танковой бригады [13].
28 июля 1942 года, приказом войскам Калининского фронта №267, командир 28-го танкового батальона, 28-й танковой бригады (30-я армия, Калининский фронт), капитан М. К. Акопов был награжден орденом «Красного Знамени».
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«За период боевых действий бригады в районе Паново, Овсяниково, Усово, Дорогино командир 28-го танкового батальона капитан Акопов проявил себя смелым и храбрым, большевистски выдержанным командиром. Своими личным примером увлекал бойцов и командиров своего батальона на героизм, на выполнение боевой задачи. Батальон товарища Акопова только с 25 марта по 15 апреля 1942 года уничтожил: танков- 16, орудий- 32, ручных пулеметов- 96, станковых пулеметов- 35, минометов- 73, при этом батальон почти полностью сохранил свои танки» [14].
С конца августа 1942 года – заместитель командира 238-й танковой бригады, воевал под городом Ржев.
С января 1943 года – командир 245-го отдельного танкового полка.
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«Командир 245-го отдельного танкового полка, подполковник М. К. Акопов смелый, решительный, тактически грамотный командир, умеющий руководить боем полка. Сумел всю работу полка поставить на выполнение боевых задач. Неоднократно ведя полк в бой воодушевлял на подвиги личный состав. Отражая жестокие танковые атаки врага за период с 5 по 15 июля 1943 года в районе Алексеевка, Дмитриевка, Веселый. Полк под его командованием уничтожил 73 немецких танка, 5 самоходных орудий, 6 противотанковых ружей, 1 самолет противника. Умело маневрируя полком, сумел обеспечить действия трех стрелковых дивизий. Предан делу партии Ленина- Сталина и Социалистической Родины» [15].
Приказом войскам 6-й гвардейской армии №19/н от 7 августа 1943 года был награжден орденом «Отечественной войны» 1-й степени.
С 17 июля 1943 года- командир 183-й танковой бригады.
28 сентября 1943 года, за летние бои, приказом войскам Воронежского фронта №177/н, был награжден орденом «Красного Знамени».
Краткое, конкретное изложение личного боевого подвига или заслуг:
«Бригада под командованием товарища Акопова с 8 по 9 июля 1943 года вела оборонительные бои в районе Прохоровка, на рубеже: Васильевка, Андреевка, где отбивала неоднократные атаки танков и пехоты противника. В ночь с 9 на 10 июля 1943 года бригада была переброшена в район Круглик, где и заняла оборону по рубежу: Круглик, Калиновка.