Предпочтение следует отдавать керамзиту, вермикулиту и перлиту, поскольку щебень и гравий имеют низкую способность к удержанию влаги. Еще один недостаток щебня – высокая теплопроводность (при резкой смене температуры щебень не способен предохранить от этого перепада корни растений). В то же время преимущества щебня и гравия в их высокой прочности. Такой субстрат прослужит дольше, чем материалы, которые легко крошатся (например, керамзит или перлит). Всеми положительными качествами (прочностью, хорошей теплоизоляцией и водопоглощением) обладает вермикулит.
В качестве субстрата для рассады используют гравий и щебень фракции 3–6 мм, для культивации взрослых растений – 3—10 мм. Фракция перлита, вермикулита и керамзита должна составлять 5—15 мм. Гравий в данном случае должен быть кремниевым или кварцевым (остальные виды гравия плохо скажутся на питательном растворе из-за выделения химических соединений), щебень – гранитным. Керамзит выбирают такой, чтобы он был произведен не на основе сильнозасоленных глин, но это проверить сложнее, чем в случае с гравием и щебнем.
Когда материал для субстрата измельчен до нужного состояния, его обязательно очищают от пыли путем промывания. Хорошо если есть возможность определить кислотность материала и его химический состав, но это возможно только при наличии специальных знаний и оборудования. В промышленных условиях такую проверку выполняют следующим образом: делают химический анализ питательного раствора, вводят этот раствор в подготовленный субстрат, через сутки сливают раствор и повторяют его химический анализ. Если изменения незначительны, в пределах допустимых норм, субстрат пригоден для использования в гидропонной теплице. В условиях индивидуального садоводства можно провести эксперимент, вырастив небольшое количество растений в выбранном субстрате. Если растения получатся здоровыми, будут развиваться без проблем, субстрат можно использовать в больших объемах. После проверки субстрат заливают раствором ортофосфорной кислоты 0,2 %-й концентрации. Эта процедура нужна для «обезвреживания» некоторых химических элементов, входящих в состав субстрата.
Ортофосфорная кислота может при сильной концентрации быть опасна для здоровья: она вызывает раздражение слизистых оболочек. Поэтому готовить субстрат следует с применением средств индивидуальной защиты (защитные очки, респиратор или марлевая повязка, перчатки).
Подготовленный субстрат укладывают в специальные кассеты, контейнеры или горшки для рассады. Если в качестве субстрата выбрана минеральная вата, ее покрывают полиэтиленовой пленкой с проделанными отверстиями для посадки растений. Пленка защищает надземную часть растений от контакта с минеральной ватой.
Рассаду переносят в субстрат в возрасте около 2 недель. Перед посадкой в течение суток отменяют или ограничивают ее полив, чтобы ростки не сломались. После посадки полив должен быть минимальным, чтобы растения быстрее развивали корневую