Дмитрий продолжал в течение некоторого времени носить титул владимирского и московского великого князя, но находился с матерью в отдалении от деда; наконец 11 апреля 1502 года государь вдруг положил опалу на него и его мать. Видимо, в этом случае действовали внушения не только Софьи, но и духовных лиц, обвинявших Елену в том, что она принимала участие в появившейся в то время «жидовской ереси». Василий был объявлен великим князем всея Руси. Запретили поминать Дмитрия на ектениях. Через два года Елена умерла в тюрьме, в то самое время, когда только что в Москве совершены были (в 1504 году) жестокие казни над еретиками. Несчастный сын ее должен был пережить мать и деда и изнывать в тяжком заключении по воле своего дяди, преемника Ивана.
В 1500 году вспыхнула война с Польшей и Литвой. Предлогом выставлялось гонение православной веры.
Иван Васильевич послал зятю разметную грамоту и вслед за тем отправил на Литву войско. Кроме русского войска московский государь отправил на Литву татарскую силу под начальством бывшего казанского царя Махмет-Аминя, которого он по желанию казанцев недавно заменил другим. Со своей стороны неизменный союзник Ивана Менгли-Гирей совершил нападение на Южную Русь. Война шла очень успешно для Ивана; русские брали город за городом; многие подручные Александру князья попали в плен или же сами предавались Москве: так сделали князья трубчевские (Трубецкие). 14 июля 1500 года князь Даниил Щеня поразил наголову литовское войско и взял в плен гетмана (главного предводителя) князя Острожского, потомка древних волынских князей: Иван силой заставил его поступить на русскую службу. Владения Александра страшно потерпели от разорения. Мало помогло Александру то, что в следующем году, после смерти брата Альбрехта, он был избран польским королем и заключил союз с Ливонским орденом. Ливонские рыцари под начальством своего магистра Плеттенберга сначала, вступив в русские края, одерживали было верх над русскими, но потом в их войске началась жестокая болезнь; рыцари, потеряв множество людей, ушли из Псковской области, а русские воеводы вслед за ними ворвались в Ливонскую землю и опустошили ее. Так же мало помощи оказал Александру союз с Шиг-Ахметом, последним ханом, носившим звание царя Золотой Орды. Шиг-Ахмет колебался и, служа Александру, в то же время предлагал свои услуги московскому государю против Александра, если московский государь отступит от Менгли-Гирея. Однако Иван Васильевич нашел, естественно, более выгодным дорожить союзом с крымским ханом. Менгли-Гирей поразил Шиг-Ахмета и вконец разорил остатки Золотой Орды. Шиг-Ахмет бежал в Киев, но Александр, вероятно, узнав об его предательских намерениях, заточил его в Ковно, где он и умер.
Б. М. Кустодиев. Школа в Московской Руси.
С. В. Иванов. В приказе московских времен.
Положение дочери Ивана, жены Александра, было самое печальное. Она не могла отвратить войны, несмотря на все благоразумие, которое она до сих пор выказывала в сношениях с отцом, всеми средствами