60x40x6 сантиметров общим весом 6,8 тонн), которой заполнили всё межкорпусное пространство, не только не обеспечивала плавучести, но и мешала погружению подводной лодки. Она разбухала от воды, и впоследствии её пришлось полностью удалить. Шесть внутренних балластных цистерн общей ёмкостью 10,46 тонн размещались на днище подводной лодки от носового до кормового аккумуляторного отделения. Их дополняли семь внешних цистерн в лёгком корпусе общей ёмкостью 20 – 26 тонн. Одна дифферентовочная цистерна находилась под торпедным аппаратом, две в носовой части, две – в кормовой, ещё две устанавливались между лёгким и прочным корпусом. При модернизации подводных лодок «Карп» и «Карась» одну внутреннюю цистерну переделали в цистерну высокого давления. Это позволяло продувать её на глубине сжатым воздухом. Подводная лодка должна была погружаться за 5 минут, но на испытаниях не удалось добиться результата менее 7 минут 38 секунд. Лишь к концу 1908 года его удалось сократить до 5 минут 18 секунд. Для обеспечения безопасности в нижней части корпуса располагались четыре отрывных киля. В аварийной ситуации они должны были отдаваться немедленно, обеспечивая подводной лодке всплытие из подводного положения. На практике же они либо не отсоединялись совсем, либо выполнение этого действия требовало больших усилий от команды подводной лодки, причём происходило с изрядной задержкой.
Германская сторона предложила двигатели Кертинга в качестве основных двигателей. Представители России рассматривали и другие варианты, но в процессе переговоров подрядчики заявили, что хранение и использование бензина на подводной лодке настолько опасно, что граничит с самоубийством. Это заключение следует признать вполне справедливым. Подводные лодки, использовавшие бензиновые двигатели, действительно часто страдали от взрывов и пожаров. В 1904 году инженер Р.Л. д’Эквиль запатентовал свой проект двухкорпусной подводной лодки с хранилищами жидкого топлива, размещёнными вне прочного корпуса. Бензин (или газолин) германские конструкторы намеревались применять только для пуска двигателей, после запущенные и разогретые двигатели внутреннего сгорания должны были переходить на работу на керосине, дизельном или другом тяжёлом топливе.
Концерн «Крупи» вступил в переговоры с Кертингом, и тот согласился начать проектирование двигателя тяжёлого горючего для новых русских подводных лодок. Результатом первой попытки стал экспериментальный агрегат с одним цилиндром, показавший на испытаниях неудовлетворительные результаты: склонность к быстрому износу и чрезмерный расход топлива. Вскоре Кертинг выпустил двигатели значительно улучшенной конструкции и большей мощности. Для трёх подводных лодок было заказано шесть силовых установок (по две на каждую) – двигателей тяжёлого горючего по 200 л.с. Двигатели успешно развивали необходимую мощность, но по-прежнему оставались ненадёжными. Использование керосиномоторов Кертинга требовало соблюдения определённых правил их