«Изумруду» отводилась роль репетичного корабля при втором флагмане – броненосце «Ослябя». В ходе сражения он спасал людей с тонущих броненосцев, обстреливал японские крейсера. Вечером 14 мая «Изумруд» примкнул к отряду контр-адмирала Н. И. Небогатова. Утром 15 мая отряд был окружен японским кораблями с трех сторон. Во избежание дальнейшего кровопролития Н. И. Небогатов в 10.30 приказал поднять сигнал о сдаче. Разобрав сигнал, В. Н. Ферзен приказал идти на прорыв. Крейсер полным ходом устремился в пространство между японскими отрядами. В случае неудачи командир решил выбросить корабль на японский берег и взорвать его. Бросившиеся в погоню японские крейсера начали отставать и в 14.00 пропали за горизонтом. В течение трех часов «Изумруд» шел полным, 24-узловым ходом, затем снизил скорость до 20 узлов. В 18.00 легли на курс, ведущий в точку, равноудаленную от Владивостока и бухты Владимира, в 50 милях от побережья и там уже собирались решать, куда направиться. Ход снизили для экономии угля. И все равно угля на полный ход, необходимый для боя, не хватало. В топку было отправлено все дерево, кроме мачт и шлюпок. В. Н Ферзен, ожидая встретить японские крейсера у Владивостока, куда они, двигаясь напрямую, могли прибыть раньше «Изумруда», решил идти в бухту Владимира, занять выгодную позицию для обороны и вызвать помощь из Владивостока. К бухте Владимира крейсер подошел ночью 17 мая, недостаток угля не позволял переждать темное время суток в море. Предполагая и здесь встретить противника, командир дал команду приготовиться к бою. Благополучно миновав входные мысы и бросая лоты с обоих бортов, «Изумруд» на скорости 4 узла двинулся в середину трехкабельтового прохода, ведущего в южную часть бухты. В темноте подошли слишком близко к мысу Орехова и наскочили на отходящий от него риф. Последовал резкий толчок, корабль заскрежетал днищем по камням и сразу остановился, накренившись на правый борт на 40°. Сели в полную воду с началом отлива. На шлюпке завезли за корму стоп-анкер. Дали самый полный ход всеми машинами, помогая тягой якоря. Но вода убывала, остановили машины, чтобы не тратить уголь. произведенные обмеры показали, что судно сидит на очень отлогой мели на ⅔ длины корпуса. Угля оставалось 8—10 т. К следующей полной воде свезли на берег провизию, спустили все шлюпки и на них высадили часть команды, других мер к уменьшению осадки не предпринималось. Не был выгружен боезапас, не выпускалась вода из котлов. Не удалась и вторая попытка сняться с мели. Корабль плотно сидел на рифе, к тому же приемные кингстоны помп холодильников забило песком, да и уголь был на исходе.
Положение корабля не было безнадежным. Механизмы и вооружение не пострадали, корпус повреждений не получил, вода внутрь корабля не поступала. Но командир «Изумруда» В. Н. Ферзен, решительно действовавший во время боя и прорыва, растерялся. Сняться своими силами не было возможности, помощи из Владивостока не было. В случае атаки неприятеля, в корму (по входу в бухту) могли стрелять только два орудия. Ожидая приближения