Шуйского во главе следствия имело вид беспристрастия, так как Василий Иванович не был человеком, принадлежащим к числу близких людей Годунова, но вместе с тем Годунов, назначая его, конечно, отлично понимал, что Шуйский, оберегая себя, не посмеет идти против Лупп-Клешнина и покроет своим именем все его действия в Угличе.
Так, по-видимому, и случилось. По прибытии в Углич следователи осмотрели тело царевича, причем Лупп-Клешнин, увидя его, затрепетал, обливаясь слезами, и затем оно было тотчас же предано погребению.
Затем началось следствие. По рассказу летописцев, на вопрос Шуйского: «Каким образом Димитрий, от небрежения Нагих, заколол себя сам?» – все единогласно отвечали, что царевич был убит своими рабами Битяговскими и товарищами, по приказанию Бориса Годунова и его советников. Но, по приезде в Москву, Шуйский доложил государю, что царевич закололся сам, и представил следственное производство, сохранившееся до нашего времени.
По этому следственному производству выходило, что один только дядя царевича – Михаил Нагой, бывший будто бы в день убиения мертвецки пьяным, настаивал, что царевич убит; все же остальные, в том числе и брат Михаила – Григорий Нагой, – утверждали, как заученный урок, что царевич закололся сам, в припадке падучей болезни, играя с товарищами в какую-то игру – тычку, при которой употреблялся ножик. Особенно много распространялась про болезнь Димитрия Василиса Волохова. Показаний же матери царевича вовсе нет в следственном производстве.
Когда следователи вернулись в Москву, то был собран Духовный собор; по прочтении на нем следственного производства митрополит Геласий добавил: «Царица Марья, призвав меня к себе, говорила, что убийство Михаила Битяговского с сыном и жильцов – дело грешное, виноватое; просила меня довести ее челобитье до Государя, чтобы Государь тем бедным червям, Михаилу Нагому с братьями, в их вине милость показал».
Патриарх же Иов вынес такое решение Собора: «Перед Государем Михаилы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная: царевичу Димитрию смерть учинилась Божьим судом; а Михаила Нагой Государевых приказных людей, дьяка Михаилу Битяговского с сыном, Никиту Качалова и других дворян, жильцов и посадских людей, которые стояли за правду, велел побить напрасно, за то, что Михаила Битяговский с Михайлом Нагим часто бранился за Государя, зачем он, Нагой, держал у себя ведуна, Андрюшу Мочалова, и много других ведунов. За такое великое изменное дело Михаила Нагой с братьею и мужики угличане, по своим винам, дошли до всякого наказанья. Но это дело земское, градское, то ведает Бог да Государь, все в его Царской руке – и казнь, и опала, и милость, о том Государю как Бог известит».
Нагих привезли в Москву и крепко пытали; у пытки были сам Годунов, бояре и Лупп-Клешнин. Но, по свидетельству летописцев, Нагие и на пытке говорили, что царевич убит. Их разослали в заточение по дальним городам. Царица же Мария была пострижена в Выксинской пустыни, за Белоозером. С угличанами поступили