К сожалению, с возведением Асуанской плотины, вызвавшей подъем грунтовых вод, крипта постоянно подтопляется, что приводит к невосполнимому разрушению святыни. Вход туда теперь чаще закрыт. Лишь старые фотографии могут дать представление, как она выглядела ранее: тесное помещение со святым престолом над местом, где принимало трапезу Святое Семейство с Пресвятой Богородицей, праведным Иосифом и Младенцем Иисусом.
Хотя существует и другое предание, где обитало Святое Семейство. Через стену старого православного кладбища, в греческом Георгиевском монастыре, стоит небольшая церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, возведенная в XIX в. Именно она, по другой местной легенде, стоит на месте дома, в котором Святое Семейство обитало в Египте.
Храм Святых мучеников Сергия и Вакха, возведенный в VI в. по плану трехнефной базилики, является типичным образцом раннехристианского строительства. Внутри нефы расчленены двенадцатью беломраморными колоннами с коринфскими капителями, изъятыми из заброшенных языческих римских храмов. Центральный неф возведен выше боковых, что позволило строителям устроить световые проемы и наполнить храм верхним ниспадающим светом. Храм длиной 27 м, шириной – 17 м, а высотой – 15 м, внешне не примечателен, но внутри создает гармонию и цельную полноту храмового пространства. В центре базилики сохранился древний мраморный резервуар для освящения воды. Также, вероятно, древней работы мраморные амвон и кафедра для проповедей. Древностью здесь дышит каждый камень, рождая удивительные религиозные ощущения. Сколько поколений людей здесь молитвенно прославляли Господа, сколько скорбей и радости видели эти стены. Время не могло не вовлечь подобный храм в исторический круговорот событий. Именно в нем в X–XI вв. торжественно поставляли на престол коптских патриархов. Позднее с северной и южной сторон храма были пристроены две колокольни в готическом стиле.
Храм принадлежит Коптской православной церкви.
Коптская церковь является по определению монофизитской, признающей только Божественную сущность Христа, отвергая постановления Халкидонского Вселенского собора (451 г.). На этом соборе был выработан православный догмат о единстве двух природ во Христе – Божественной и человеческой.
Несмотря на богословское расхождение с греческой традицией, сами копты всегда называли себя православными. И первый начальник Русской Духовной миссии на Святой Земле архимандрит Порфирий (Успенский) намеревался возвратить их в лоно Вселенского Православия. Относительно догматических различий отец Порфирий писал, что копты «признают в Спасителе два естества, Божеское и человеческое, одаренное разумной душой, но так, что они по соединении стали одно естество и одно лицо с одной волей и одним действованием». Поэтому архимандрит Порфирий, с разрешения Синода Русской православной церкви, планировал предпринять переговоры с коптским патриархом, которым не суждено было состояться из-за начала Крымской войны и отъезда архимандрита из Палестины.
Устройство храмов