Брюс возвратился в Новгород. Зимой 1702/03 года он дружески сошелся с генерал-фельдмаршалом Б.П. Шереметевым, который стоял с армией на зимних квартирах близ Пскова и Ладоги и часто выезжал к своему новгородскому соседу. Дружба соединила этих сподвижников царя неслучайно. Оба они обладали наибольшими талантами в ряду близких царю людей и были очень порядочными и достойными военными.
Борис Петрович Шереметев был единственным военачальником, заявившем герцогу Кроа, что диспозиция русских войск перед сражением с отрядом Карла XII под Нарвой 19 ноября 1700 года была в корне неверной. Поражение это было предсказано блестящим полководцем, но сам он был объявлен едва ли не главным виновником этого поражения. Полководческий талант Шереметева был оценен уже в 1701 году при взятии Лифляндии. За боевые успехи Борис Петрович произведен в генерал-фельдмаршалы и награжден высшей наградой России – орденом Святого апостола Андрея Первозванного.
Как уже отмечалось, в этих походах Шереметева Я.В. Брюс, исполнявший обязанности «подручного начальника артиллерии», принимал участие и был в подчинении Бориса Петровича. Теперь, в 1702 году, отношения начальника и подчиненного перерастают в дружеские, и в дальнейшем оба генерала постоянно поддерживают их.
В марте 1703 года Б.П. Шереметев в письме Петру сообщает о своей дружбе с Яковом Брюсом: «…про здоровье мое извольте выпить, а про ваше здоровье обещаюся быть шумен и обедать днесь стану у Якова Вилимовича».
Впоследствии эти отношения перерастут в близкие, сердечные. Влияло на них то обстоятельство, что каждый мог рассчитывать на дружеский совет и помощь при решении каких-то злободневных вопросов. Например, в 11 мая 1709 года Борис Петрович, рассчитывая на посредничество в своих отношениях с Петром Алексеевичем, обращался к Брюсу в письме: «Великий бы дал за то кошт, чтобы я тебя имел видеть персонально, понеже я тебя имею себе целым благодетелем, имея нужные до тебя интересы».
В марте 1703 года Шереметев и Брюс, первый с полками, а второй с артиллерией, двинулись, по царскому велению, к Ниеншанцу, который после пятидневной осады и одиночной бомбардировки к утру 1 мая 1703 года капитулировал. При осаде Ниеншанца использовались 16 трехпудовых мортир, 48 26- и 12-фунтовых пушек, каждая из которых сделала по девять выстрелов. При взятии Ниеншанца без штурма была захвачена вся артиллерии, 55 бомб, 195 бочек пороха, много ядер и картечи.
После взятия Ниеншанца Брюс принимает участие в военном совете, собранном для решения вопроса: «Тот ли шанец крепить, или иное место удобное искать (понеже оный мал, далеко от моря, и место не гораздо крепко от натуры), в котором положено искать новаго места, и по нескольких днях найдено к тому удобное место остров, который назывался Мост Еланд (т. е. Веселый остров), где 16 день мая… крепость заложена и именована Санкт-петербург».
Так, 16 (27) мая 1703 года был принят указ об основании города, ставшего впоследствии новой столицей России. Губернатором Санкт-Петербурга стал А.Д. Меншиков. Комендантом – полковник Рен (барон Карл Эвальд