Не входя ни в одну из ее ветвей, он в то же время оказывает прямое или косвенное воздействие на процесс формирования и характер их действий. В большей степени это относится к федеральным органам исполнительной власти.
Реализуя свою компетенцию, предусмотренную в главе 4 Конституции РФ, Президент РФ обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов законодательной, исполнительной и судебной власти на всей территории государства. Это полномочие исходит от его статуса главы государства, гаранта суверенитета, целостности и неприкосновенности территории Российской Федерации.
Компетенция Президента РФ реализуется по вопросам исключительного ведения Российской Федерации и совместного ведения Российской Федерации и субъектов РФ. Взаимодействуя со всеми ветвями власти, Президент РФ имеет наибольший объем полномочий по отношению к органам исполнительной власти. Эти полномочия дают ему возможность формировать Правительство РФ и контролировать его работу. Именно Президент РФ назначает Председателя Правительства РФ. Хотя такое назначение осуществляется только с согласия Государственной Думы, все-таки последнее слово остается за главой государства (ст. 111 Конституции РФ).
Право Президента РФ председательствовать на заседаниях Правительства РФ не сводится только к формальному ведению заседаний, он в отдельных случаях может взять руководство Правительством РФ на себя, давать непосредственно поручения и указания всем членам Правительства РФ, учитывая, что ряд руководителей федеральных органов исполнительной власти (МВД, МЧС, Минобороны, ФСБ, ФСО и т.д.) подчинены ему непосредственно. Это общепринятая мировая практика всех демократических и, тем более – недемократических государств.
Например, в 1997 г. из 67 федеральных органов исполнительной власти (в начале 90-х гг. XX столетия их количество было более 100) непосредственно Президенту РФ подчинялось 15[97]. В 2003 году деятельность 18 федеральных органов исполнительной власти (из 59) в соответствии с Конституцией России, федеральными конституционными законами и федеральными законами осуществлял непосредственно Президент России[98]. В частности, к ним были отнесены: МВД России, МЧС России, МИД России, Минобороны России, Минюст России, СВР России, ФСБ России, ФСО России, ФПС России, ФСНП России (до 1 июля 2003 г.), ФАПСИ России и некоторые другие.
В связи с произошедшими в марте 2004 г. очередными изменениями в системе и структуре федеральных органов исполнительной власти Президент РФ стал осуществлять непосредственное руководство 20 федеральными министерствами и ведомствами (из 76)[99], из них: пять министерств[100], 12 федеральных служб[101], три федеральных агентства[102].
После официального вступления в должность на второй срок (май 2004 г.) Президента РФ в структуру федеральных органов исполнительной власти были внесены очередные изменения[103]. Он стал