Статья 5 закона гласила: мировые судьи, их съезды, окружные суды и судебные палаты рассматривают дела по существу; Правительствующий же Сенат в качестве верховного кассационного суда, не решая дел по существу в общем порядке судопроизводства, наблюдает за охранением точной силы закона и за единообразным его исполнением всеми судебными установлениями империи74.
Обеспечить реальную независимость и полноту судебной власти было призвано включение в подведомственность суда института судебных следователей (ст. 79 закона об «Учреждении судебных установлений»)75. Согласно ст. 249 УУС предварительное следствие о преступлениях, подсудных Окружным судам, производилось судебными следователями при содействии полиции и наблюдении прокуроров и их товарищей. Органы прокуратуры, присяжные поверенные также состояли при судебных местах в соответствии с положением ст. ст. 125, 353 закона об «Учреждении судебных установлений»76. Такое положение вещей способствовало укреплению судебной власти. Подотчетность суду следственных органов, а также прокуратуры и адвокатуры позволяет говорить о том, что судебное установление стало центральным органом в уголовном процессе, в подчинении которого находились и сторона защиты, и сторона обвинения. Возможно, такое положение вещей было оправданно, поскольку законодателю того времени необходимо было принять жесткие меры, направленные на поддержание авторитета судебной власти. Однако в современном уголовном процессе такое правило будет являться недопустимым, так как принцип состязательности, закрепленный ст. 15 УПК, требует реальной независимости и самостоятельности сторон друг от друга.
Устав уголовного судопроизводства 1864 г. исходил из принципа состязательности сторон. Как писал еще И. Я. Фойницкий, «предоставление обвинительной деятельности суду является глубоким отступлением от состязательного порядка процесса, основанного на разделении функций, и потому оно поставлено в узкие рамки»77. Суд являлся органом, в компетенцию которого входило возбуждение уголовного дела. Так, согласно п. 3 ст. 42 УУС мировой судья мог своей властью возбудить уголовное преследование по всем непосредственно усмотренным им преступным действиям78. Как уточнял И. Я. Фойницкий, в силу этого правила практика признавала за ним право возбуждения преследования не только по преступлениям, очевидцем которых он был, но и по тем, которые усмотрены им при разбирательстве другого дела79.
Коллегиальные же суды лишь сообщали об усмотренных ими преступных деяниях. Исключение было установлено только для камеры предания суду; ей как власти, контролирующей обвинительную деятельность, принадлежало право возбуждения уголовного преследования, и требования ее в этом смысле подлежали исполнению80. То есть суд, рассматривающий уголовное дело по существу, был лишен возможности самостоятельно решить вопрос о его возбуждении (за исключением мирового судьи). Такое положение вещей способствовало укреплению принципа состязательности