Заместителя Патриаршего Местоблюстителя воспринимался как отнюдь не являющийся тождественным полномочиям предстоятеля Церкви, и решение митрополита Сергия учредить при себе «Временный Патриарший Синод» рассматривалось многими епископами как очевидная узурпация церковной власти.
Значительное недовольство в церковной среде вызывали содержание Декларации 29 июля 1927 г., указ Заместителя Патриаршего Местоблюстителя № 549 от 21 октября 1927 г., предписывавший определенную формулу поминовения властей и запрещавший поминовение за богослужением епархиальных архиереев, находившихся в заключении. Однако одним из наиболее существенных оснований для критики деятельности митрополита Сергия со стороны его оппонентов из числа епископов следует признать распространившееся в их среде убеждение, что Заместитель Патриаршего Местоблюстителя решился полностью подчинить свою церковно-административную деятельность, в том числе и в области кадровой церковной политики, распоряжениям органов ГПУ. Этому убеждению способствовали те обстоятельства, что уже за первые несколько месяцев после своего освобождения митрополит Сергий не без внешнего вмешательства переместил около 40 епископов и ввел во «Временный Патриарший Синод» связанных с ОГПУ архиереев, например митрополита Тверского Серафима (Александрова).
С осени 1927 г. оппозиция некоторых, в том числе и весьма авторитетных церковных иерархов, стала проявляться не только в периодической критике действий митрополита Сергия, как это имело место, например, со стороны Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского). Некоторые из архиереев, подобно митрополиту Агафангелу (Преображенскому), прервали канонические отношения с митрополитом Сергием и отказывали ему в безусловном административном подчинении, другие, подобно митрополиту Кириллу (Смирнову), переставали поддерживать с митрополитом Сергием каноническое и евхаристическое общение, не ставя, впрочем, под сомнение благодатность таинств, которые совершало «сергианское» духовенство, наконец, третьи, подобно епископу Виктору (Островидову), рассматривали митрополита Сергия как еретика, а канонически подчинявшееся ему духовенство считали безблагодатным.
Значение этой оппозиции архиереев увеличивалось еще и тем обстоятельством, что в ее ряды входили два назначенные св. Патриархом Тихоном Патриарших Местоблюстителя свв. митрополиты Кирилл и Агафангел и некоторые другие известные церковные иерархи, подобные Заместителю Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Иосифу (Петровых), архиепископу Серафиму (Самойловичу), епископам Афанасию (Сахарову), Дамаскину (Цедрику), Серафиму (Звездинскому). Значительно уступая в количестве сторонникам митрополита Сергия, как среди духовенства, так и среди епископата, представители оппозиции часто объединяли в своих рядах многих наиболее активных, нравственно авторитетных и образованных священнослужителей. Патриарший же Местоблюститель митрополит Кирилл являлся на рубеже 1920–1930-х