Годунова перешел на сторону Самозванца. Это не помешало ему участвовать в заговоре против «царя Димитрия» летом 1605 г.; Шуйский был приговорен Боярской думой к смерти, но затем помилован и прощен самим царем. С декабря того же года Шуйский вновь при дворе. В мае 1606 г. он опять возглавил заговор против Лжедмитрия, приведший к свержению и убийству последнего. Через два дня после смерти самозванца Василий Шуйский был избран на царство и дал крестоцеловальную запись о границах своей власти, о верности народу.
Правление Василия IV проходило в обстановке продолжения борьбы за власть между различными княжеско-боярскими группировками, а также крупнейшего крестьянского восстания под предводительством И.И. Болотникова. Для сплочения правящих сословий Василий IV предпринял ряд мер в их интересах (в частности, установил 15-летний срок сыска беглых крестьян). Это помогло ему объединить все силы для подавления восстания. В целях обеспечения успеха в противостоянии с Польшей царь был вынужден заключить союз со Швецией в обмен на передачу ей части северо-западных земель. Крупнейшее поражение царских войск в борьбе с поляками в июле 1610 г. возле села Клушино под Можайском привело к свержению Василия Шуйского и насильственному пострижению его в монахи. В сентябре 1610 г. он был выдан правительством Семибоярщины полякам и вывезен в Польшу, где вскоре умер в заточении. В 1620 г. польский король Сигизмунд торжественно перенес его гроб в Варшаву, в нарочно построенный мавзолей, а в 1635 г. останки царя Василия были возвращены в Россию и погребены в Архангельском соборе.
Как известно, в период Смутного времени Шуйский был венчан на царствие, а часть его владений, включая пустошь Семчино, переменив нескольких владельцев, попало к Ивану Васильевичу Шуйскому, брату нового государя, и уже в его собственности было описано как деревня Семчино, то есть поселение без собственной церкви. Через некоторое время Семчино перешло к племяннику Ивана Шуйского князю Семену Васильевичу Прозоровскому и вновь обрело статус села, что свидетельствовало о том, что местная церковь уже была в нем отстроена и, по некоторым сведениям, освящена во имя архангела Михаила. Сам князь Прозоровский принял монашество, а перед тем как отправиться в монастырь, подготовил документ, согласно которому владение селом было разделено между его сыновьями. Та к Семчино ушло к князю А.С. Прозоровскому. Но после его кончины наследники продали владение в том виде, в каком оно было получено от старого князя Прозоровского, ибо делить его на еще более мелкие участки становилось невыгодно.
Покупателем села, если довериться преданиям, стал царь Алексей Михайлович, «охотник достоверный», как именовали его летописцы, ибо соколиная охота, составлявшая главную часть досуга царя, требовала своего рода удаления от шумного двора и его обитателей, а в патриархальной семченской тишине царь мог полноценно предаваться любимому делу. Привал царственного охотника между набиравшими размах турами охоты проходил в особом деревянном