первой жены царя Алексея Марии Ильиничны Милославской). В процессе работ вокруг собора возвели галерею – гульбище, огражденную парапетом, придавшую зданию особую стройность. Открытие собора состоялось 8 мая 1690 г. В 1744 г. по желанию статс-дамы Анастасии Александровны Нарышкиной и по проекту архитектора И.Ф. Мичурина заложили церковь Толгской иконы Божией Матери. Небольшой храм, строительство которого завершилось через 11 лет, дожил до наших дней и стоит между колокольней и Братскими кельями, встроенный западной стороной в прясло стены.
Спустя десятилетие (1753–1755) над южными воротами, выходящими в Крапивенский переулок, рядом с Братскими кельями поставлена церковь Св. Пахомия Великого. После пожара 1812 г. ее упразднили и передали под хранилище фондов епархиальной библиотеки. 13 сентября 1914 г. на средства некой Ф.В. Лесковой ее восстановили, но освятили уже во имя святых апостолов Петра и Павла. В конце XIX в. художник М.В. Нестеров в одной из церквей обители написал портрет архиепископа Антония Волынского (Храповицкого) – потомка знаменитого статс-секретаря Екатерины II, автора известных записок об отделении церкви от государства. Он был изображен стоящим на амвоне перед царскими вратами и произносящим проповедь. Очевидцы свидетельствуют, что портрет был очень красив по колориту: цвета церковного облачения – черный и белый – перекликались со сверкающим окладом иконостаса.
Монастырь принадлежал к числу богатых, особенно в XVII– XVIII вв. В его подчинении находились земельные вотчины и мелкие загородные монастыри. Если в 1678 г. за ним числилось 519 крестьянских дворов, то через 22 года их было уже 612. К 1744 г. монастырь владел 5998 крестьянами. Правда, после реформы Екатерины II за ним к началу XX в. оставалось всего 50 гектаров пахотной земли. Губернская реформа 1775 г. и «Грамота на право вольности и преимущества благородного российского дворянства» представили этому сословию монопольное право на владение крестьянами и землей. В то же время государственная казна ежегодно выплачивала на содержание обители жалованье в сумме 1249 руб. 37 коп. Какой-то доход приносили также вклады и пожертвования прихожан. Во второй половине XVII в. Петровская обитель получила архимандрию с правом участия в деятельности церковных соборов. Во времена секуляризации в 1764 г. ее причисляли ко второму классу с возведением в степень ставрогиального монастыря (то есть находящегося в прямом ведении патриарха или Синода), а с 1775 г. он стал епархиальным. В его помещениях разместили духовный цензурный комитет и склады, а позднее и епархиальную библиотеку Московского общества любителей духовного просвещения.
К концу XIX в. в соборе было 18 памятников-гробниц, не сохранившихся до наших дней. Тогда они располагались в трапезной по три в ряд – девять мужских справа и девять женских слева. На надгробных камнях – черные дощечки с надписями. После 1771 г. здесь уже не хоронили. Согласно решению Моссовета, монастырь закрыли в 1926 г. Церкви же его закрывали поочередно: в 1921 г. – Сергия Радонежского, в 1926 г. – Покрова Пресвятой Богородицы, а где-то