juhatusel võimalus peale Riigikogu liikmete välislähetusse saatmise (RKKTS § 13 lg 2 p 15) reguleerida välislähetustega seonduvaid küsimusi üldisemalt, näiteks määrata üldiste kriteeriumide abil kindlaks üritused, millest Riigikogu liikmeid osa võtma saadetakse, kuidas tagada poliitiline tasakaalustatus ning kuidas korraldada aruandlust. Niisuguseid juhiseid Riigikogu juhatus käesolevaks ajaks kehtestanud ei ole, küll aga on vastu võetud Riigikogu liikme teenistuslähetuse vormistamise kord (vt käesoleva paragrahvi kommentaar 27).
9. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 1 sisustamisel tuleb arvestada ka VäSS § 6 lõike 2 punktiga 2, mille järgi Riigikogu välissuhtlemist koordineerib Riigikogu väliskomisjon. Praktikas tähendab see juhatuse ja väliskomisjoni tihedat koostööd välislähetuste planeerimisel (sh eelarvevahendite planeerimisel), ettevalmistamisel ja otsustamisel.
10. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 2 järgi määrab Riigikogu juhatus Riigikogu alatiste komisjonide liikmete arvu ning fraktsioonidele kuuluvate kohtade arvu alatises komisjonis, määrab alatisse komisjoni fraktsiooni mittekuuluva Riigikogu liikme ning kinnitab alatiste komisjonide koosseisud ja muudatused nendes, vajaduse korral kehtestab üldised juhised komisjonide töökorralduse ning tegevusvaldkondade kohta. Alatiste komisjonide koosseisude komplekteerimist puudutav on reguleeritud RKKTS §-des 25–28.
11. Kommenteeritava paragrahvi lõike 2 punkt 2 annab Riigikogu juhatusele õiguse kehtestada üldiseid juhiseid komisjonide töökorralduse kohta. Niisuguste juhiste abil on juhatusel võimalik ühtlustada komisjonide praktikat ning anda soovitusi RKKTS-i sätete ühetaoliseks kohaldamiseks (nt kuidas koostada komisjonide istungite protokolle ning vormistada menetlusdokumente – eelnõusid, muudatusettepanekute loetelusid, komisjonide seletuskirju). Riigikogu juhatus võib kehtestada üldiseid juhiseid mitte üksnes alatiste komisjonide, vaid ka eri-, uurimis- ja probleemkomisjonide (vt RKKTS § 17) töökorralduse kohta. Seni on Riigikogu juhatus RKKTS § 13 lõike 2 punkti 2 alusel kehtestanud komisjoni esimehe ja aseesimehe valimise korra (Riigikogu juhatuse 2011. aasta 10. veebruari otsus nr 21, vt lisa 3.2) ja „Juhised Riigikogus seaduseelnõu menetlemise hea praktika kujundamiseks“ (Riigikogu juhatuse 09.02.2012 otsus nr 30, vt lisa 3.4).59
12. Kommenteeritava paragrahvi lõike 2 punkt 2 annab Riigikogu juhatusele õiguse kehtestada üldiseid juhiseid ka komisjonide tegevusvaldkondade kohta. Kuigi sätte sõnastuse järgi võiksid säärased juhised puudutada iga liiki komisjone, on mõeldav siiski üksnes alatiste komisjonide tegevusvaldkondade määratlemine, kuna erikomisjonide ülesanded tulenevad seadusest või välislepingust, mis on komisjoni moodustamise aluseks (vt RKKTS § 19 lg 1), uurimis- või probleemkomisjoni ülesanded aga fikseeritakse Riigikogu poolt vastuvõetavas komisjoni moodustamise otsuses (vt RKKTS § 20 lg 2 ja § 21 lg 2). RKKTS-is on kindlaks määratud alatiste komisjonide nimed (keskkonnakomisjon, kultuurikomisjon jne – vt RKKTS § 18 lg 1) ja nende funktsioon – nad valmistavad ette eelnõusid Riigikogu täiskogus arutamiseks, kontrollivad täidesaatva riigivõimu teostamist ning täidavad muid seadusest või Riigikogu otsusest tulenevaid ülesandeid (RKKTS § 18 lg 2). Mõnevõrra täpsemalt on RKKTS-is kirjas ELAK-i ja väliskomisjoni tegevusvaldkonnad (vt RKKTS § 18 lg 3, väliskomisjoni osas ka VäSS § 6 lg 2). Kirjeldatud õiguslikku raamistikku silmas pidades on Riigikogu juhatusel õigus oma juhistega täpsustada, millise valdkonna seaduseelnõusid üks või teine alatine komisjon juhtivkomisjonina menetleb ning milliste valitsusasutuste tegevust millises ulatuses kontrollib. Juhiste eesmärgiks on tagada selgus (piiritleda iga alatise komisjoni tegevusvaldkond) ja järjepidevus. Juhiseid komisjonide tegevusvaldkondade kohta Riigikogu juhatus käesolevaks ajaks kehtestanud ei ole.
13. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 3 järgi registreerib Riigikogu juhatus Riigikogu fraktsioonid ning muudatused nende koosseisus. Fraktsioonide registreerimise ja fraktsioonide koosseisus muudatuste tegemisega seonduv on reguleeritud RKKTS §-des 41 ja 42.
14. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 4 järgi võtab Riigikogu juhatus eelnõusid Riigikogu menetlusse ning määrab neile juhtivkomisjone. Eelnõude menetlusse võtmise kord on sätestatud RKKTS §-s 93.
15. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 41 kohaselt edastab Riigikogu juhatus Riigikogule esitatud Euroopa Liidu õigusaktide eelnõusid ELAK-ile või väliskomisjonile, määrab alatisi komisjone nende eelnõude kohta arvamusi andma, samuti määrab arvamuse andmise aja. Euroopa Liidu õigusaktide eelnõude menetlusse võtmise kord on reguleeritud RKKTS §-s 1522.
16. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 5 kohaselt otsustab Riigikogu juhatus täiendava istungi toimumise ning valmistab ette täiendava istungi päevakorra. Täiendava istungi toimumise otsustamist ja selle päevakorra ettevalmistamist reguleerib RKKTS § 49.
17. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 6 järgi teeb Riigikogu juhatus Riigikogule ettepaneku Riigikogu erakorralise istungjärgu töö ajagraafiku kehtestamiseks. Riigikogu erakorralise istungjärgu töö ajagraafiku kehtestamise näeb ette RKKTS § 52.
18. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 7 järgi valmistab Riigikogu juhatus ette Riigikogu täiskogu töönädala päevakorra ning RKKTS-ist tulenevatel juhtudel võtab küsimusi päevakorda oma algatusel, annab Riigikogu külalistele loa poliitiliste avalduste esitamiseks ning määrab nende esitamise aja. Riigikogu täiskogu töönädala päevakorra ettevalmistamist reguleerivad RKKTS § 53 lõiked 1–3. Peale täiskogu töönädala päevakorra valmistab Riigikogu juhatus ette ka Riigikogu täiendava istungi päevakorra (RKKTS § 53 lg 4). Erakorralise istungjärgu päevakorda ei valmista ette Riigikogu juhatus, vaid seda teeb istungjärgu kokkukutsumise ettepaneku tegija (RKKTS § 53 lg 5). Riigikogu juhatus võtab küsimusi täiskogu päevakorda omal algatusel päevakorra ettevalmistamise etapis RKKTS-is ettenähtud juhtudel (vt RKKTS § 53 kommentaar 9). Pärast seda, kui Riigikogu on päevakorra kinnitanud, saab päevakorda täiendada üksnes RKKTS §-s 56 loetletud küsimustega. Ettepaneku päevakorra täiendamiseks teeb sellisel juhul Riigikogu esimees (RKKTS § 56 lg 2).
19. Riigikogu külaliste all, kelle poliitilise avalduse esitamiseks loa andmise otsustab Riigikogu juhatus, peetakse silmas teiste riikide riigipäid ja parlamentide esimehi, kes oma Eesti-visiidi ajal Riigikogu külastavad. Riigikogu külalistena ei käsitata isikuid, kellel on poliitilise avalduse esitamise õigus tulenevalt RKKTS §-st 155. Loa andmine poliitilise avalduse esitamiseks on Riigikogu juhatuse diskretsiooniotsus. Riigikogu juhatus teeb selle, lähtudes külalise positsioonist, välispoliitilistest kaalutlustest jms. Avalduse esitamise aeg sõltub ühelt poolt Riigikogu täiskogu töönädala või täiendava istungi päevakorrast ning teiselt poolt külalise visiidi ajakavast. Avalduse esitamise sobivaim aeg on Riigikogu istungi alguses, enne kinnitatud päevakorras olevate punktide arutamisele asumist, sest siis on võimalik avalduse esitamise kellaaeg suhteliselt täpselt kindlaks määrata. Riigikogu külalise avalduse võtab Riigikogu juhatus täiskogu päevakorda omal algatusel või teeb Riigikogu esimees ettepaneku täiendada nimetatud küsimusega juba kinnitatud päevakorda (vt RKKTS § 56 lg 1 p 10 ja lg 2). Kuigi kommenteeritavas punktis seda sõnaselgelt ei mainita, määrab juhatus ka avalduse esitamiseks antava aja. Tava kohaselt külalisele küsimusi ei esitata ning avalduse järel läbirääkimisi ei avata.
20. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 8 järgi kehtestab Riigikogu juhatus Riigikogu istungite stenografeerimise ja protokollimise korra (vt ka RKKTS § 61 lg 1). Riigikogu juhatus on nimetatud korra kehtestanud 2010. aasta 14. detsembri otsusega nr 135 (vt lisa 3.1).
21. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 9 kohaselt otsustab Riigikogu juhatus päevakorraküsimuse arutamise aluseks olevate dokumentide Riigikogu liikmetele kättesaadavaks tegemise aja muutmise. Dokumentide Riigikogu liikmetele kättesaadavaks tegemise aeg, nii reegel kui ka erandid, on sätestatud RKKTS §-s 62.
22. RKKTS § 13 lõike 2 punkti 10 kohaselt kehtestab Riigikogu juhatus eelnõude normitehnilised eeskirjad. Nimetatud eeskirjadele on viidatud ka RKKS § 92 lõikes 1. Riigikogu juhatus on kehtestanud „Riigikogus menetletavate eelnõude normitehnika eeskirja“ 2011. aasta 27. detsembri otsusega nr 136 (vt lisa 3.3).
23. RKKTS