Украины решил «организовать при президиуме ЦИК отдел управления, который должен работать под руководством народного секретаря внутренних дел». Этим постановлением дополнительно подтверждался статус Е. Бош как фактического руководителя правительства. До конца января 1918 года правительство находилось в Харькове, 30 января перенесло свою работу в Киев, в начале марта – в Полтаву.
Поспешный и немотивированный переезд Народного секретариата в Киев Е. Бош со временем стала считать ошибочным. Условия для деятельности правительства по многим причинам значительно ухудшились. В обстановке сплошного хаоса, нарастания внутренних разногласий, Е. Бош с её деятельной, неугомонной вплоть до фанатизма натурой всё чаще стала прибегать к решительным, резким шагам и решениям. Оппоненты начали называть её «диктатором» и даже предпринимать шаги к изоляции. Понимая это, Е. Бош сама инициировала передачу своих функций Н. Скрипнику, который вёл себя значительно обдуманнее.
Е. Бош не соглашалась без боя оставлять австро-германским войскам Киев, однако её позицию не разделяло большинство коллег из политического и военного руководства УССР. Её буквально силком эвакуировали из Киева. Было выдвинуто требование о смещении её с должности фактического главы правительства. Учитывая сказанное, а также в знак несогласия с подписанием Брестского мира, по которому советская Россия признавала мирное соглашение ЦР с Германией и её союзниками, Е. Бош 4 марта сложила свои полномочия народного секретаря. Правительство осталось без руководителя, в связи с чем в этот же день на должность главы Народного секретариата избрали Н. Скрипника.
Увлёкшись «левокоммунистическими» взглядами, Е. Бош отказалась эвакуироваться с руководящими учреждениями УССР в город Екатеринослав. Она стала политработником в группе войск В. Примакова, которая с тяжёлыми боями на протяжении двух месяцев отступала из района города Бахмач к Мерефе. Произошло новое обострение болезни. Немного подлечившись в Тамбове и Липецке, Е. Бош приняла участие в работе I съезда КП(б)У в Москве.
По настоянию В. И. Ленина и Я. М. Свердлова Е. Бош направили в Пензу, где она возглавила губком РКП(б). В этом регионе, по мнению В. И. Ленина, была «необходима твёрдая рука» для активизации работы по изъятию хлеба у крестьянства. В Пензенской губернии надолго запомнили жестокость Е. Бош, проявленную при подавлении крестьянских восстаний в уездах. Когда пензенские коммунисты – члены губисполкома воспрепятствовали её попыткам устроить массовые расправы над крестьянами, Е. Бош обвинила их «в излишней мягкости и саботаже» в телеграмме на имя В. И. Ленина. Исследователи склоняются к мнению, что Е. Бош, будучи «психически неуравновешенным человеком», сама спровоцировала крестьянские волнения в Пензенском уезде, куда её направили в качестве агитатора продотряда. По воспоминаниям очевидцев, «в с. Кучки Бош во время митинга на сельской площади лично застрелила крестьянина, отказавшегося