Никон объявил церковную реформу, разослав Великим постом 1653 года по соборным церквам государства предписание заменить двуперстное крестное знамение троеперстием и упразднить земные поклоны на службах Великого поста. За отменой двуперстия и земных поклонов последовал целый ряд других изменений в обрядности русской Церкви, мотивируемых необходимостью унификации церковных порядков в соответствии с современным греческим укладом; последовала широкомасштабная правка богослужебных книг по современным греческим текстам, в то время как переписывавшиеся из поколения в поколение русские книги объявлялись испорченными по причине «неграмотности» русских книжников. Те, кто тогда не согласился в одночасье отказаться от многовековой традиции своих предков, поняли, что для них пришла пора тяжких испытаний. Несогласных с никоновыми нововведениями тотчас подвергли суровым репрессиям: после ареста и допросов были отправлены в ссылку протопоп Казанского собора на Красной площади Иоанн Неронов, муромский протопоп Логгин, костромской протопоп Даниил. Одним из последних среди белого духовенства, в сентябре 1653 года, был арестован и сослан в Сибирь протопоп Аввакум. В 1654 году был извергнут из сана и сослан на заточение в новгородские пределы, где вскоре и погиб при невыясненных обстоятельствах, епископ Павел Коломенский, отказавшийся подписать протоколы Московского собора, утвердившего Никонову реформу.
После разрыва, случившегося между царём и Никоном в ноябре 1658 г., когда сам Никон оказался не у дел, перед поборниками «старой веры» блеснула надежда на отмену реформы, но не тут-то было: взятый Никоном курс на перестройку церковной жизни царь Алексей Михайлович продолжил самостоятельно. На созванном им в 1666–1667 гг. поместном соборе русской Церкви противники Никоновой реформы были преданы анафеме и провозглашены раскольниками.
Позади был Московский собор 1666–1667 гг. с расстрижениями, бесконечными допросами и уговорами покаяться. Позади была первая казнь: Лазарю, Епифанию и Феодору резали языки первый раз ещё в Москве. Царь и духовные власти, отправляя узников в общее заточение, не помышляли, что превращают тем самым северный Пустозерск в своеобразный духовный центр, в котором в течение полутора десятилетий будут сходиться все нити старообрядческой борьбы.
Известно, что вскоре по прибытии осуждённых в Пустозерск начался оживлённый обмен посланиями между острогом и старообрядческой Москвой. Сочинения пустозерцев направлялись также на Мезень, на Соловки; позже в сферу влияния войдут Сибирь, Керженские леса. Семья протопопа Аввакума, томящаяся неподалеку от Пустозерска в Мезенской ссылке, стала основной связующей с внешним миром силой. Дьякон Феодор в письме к сыну протопопа Ивану писал о переправляемых на Мезень сочинениях: «…в Соловки пошли и к Москве верным. И тут давай списывать верным человеком, иже довольны будут и иных научити»; о «грамотках к Москве», которые надлежало пересылать семейству Аввакума, писал и сам протопоп[13]. В это время (до последней