12 июля 1941 г. по обвинению в совершении контрреволюционного преступления. Осужден и расстрелян. Определением Военной коллегии от 30 октября 1958 г. посмертно реабилитирован.
16 июля 1941 года И. В. Сталин подписал постановление Государственного комитета обороны (ГКО-169сс, №00381). Несмотря на секретность с двумя нулями, постановление предписывалось прочесть во всех ротах, батареях, эскадронах, авиаэскадрильях. В нем указывалось, что «Государственный Комитет Обороны по представлению Главнокомандующих и командующих фронтами и армиями арестовал и предал суду военного трибунала за позорящую звание командира трусость, бездействие власти, отсутствие распорядительности, развал управления войсками, сдачу оружия противнику без боя и самовольное оставление боевых позиций» нескольких генералов. В частности, в постановлении говорилось о предании суду военного трибунала:
– командира 60-й горнострелковой дивизии Южного фронта генерал-майора Салихова и его заместителя полкового комиссара Курочкина;
– командира 30-й горнострелковой дивизии Южного фронта генерал-майора Галактионова и его заместителя полкового комиссара Елисеева.
После ареста генералов С. Г. Галактионова, М. Б. Салихова и их заместителей-комиссаров обвинили в развале управления войсками, преступной бездеятельности и сдаче занимаемых позиций без боя.
Война для 60-й горнострелковой дивизии началась 22 июня 1941 года на участке границы южнее г. Черновицы (с 1944 г. – Черновцы). Отбив атаки противника, дивизия в ночь с 23 на 24 июня провела успешную контратаку и в районе Кашенки отбросила врага за государственную границу.
После этого дивизию переподчинили 18-й армии Южного фронта, в составе которого она и продолжала вести оборонительные бои до 15 июля. В этот день ее возвратили Юго-Западному фронту (в составе 12-й армии генерал-майора П. Г. Понеделина). Но, судя по всему, возвратили уже без командира, поскольку Салихов был арестован прокуратурой еще Южного фронта. Ему инкриминировалась паника, возникшая в дивизии при переправе через реку Днестр.
Дело генерал-майора М. Б. Салихова и полкового комиссара И. Г. Курочкина военный трибунал Южного фронта под председательством военного юриста 1-го ранга Доценко рассмотрел в закрытом судебном заседании 21 июля 1941 года47.
В приговоре военного трибунала фронта отмечалось, что Салихов и Курочкин «во время боев 60-й горнострелковой дивизии и отхода дивизии на новый рубеж в районе м. Хотин и во время переправы через р. Днестр не осуществляли надлежащего руководства частями дивизии, допустили панику во вверенных им войсках. Потеряв управление частями во время отхода дивизии к р. Днестр, во время переправы частей через нее в районе м. Хотин, превратили дивизию в малоспособное соединение. Надлежащей политико-воспитательной работы в период отхода частей на новый рубеж не велось, в результате чего имело место массовое дезертирство с оружием»