Арндт вместе с большинством духовенства встал на сторону патрициев. Новоизбранный городской совет проявлял антицерковные настроения, и вообще, как писал Арндт в одном письме, состоял из представителей черни, неспособных к управлению.[19] В городе возникли серьёзные нестроения, приведшие к открытому противостоянию патрициев и городского совета, в результате которого победили первые. Зачинщики беспорядков были подвергнуты пыткам и в конце сентября – начале октября 1604 года казнены. Духовенство города одобрило этот шаг.
Некоторые современные исследователи ставят Арндту в вину то, что он, хотя не имел отношения к судебному процессу и вынесению судебного приговора, никак не высказался в защиту приговорённых к смерти и не проявил к ним сострадания.[20] Другие исследователи отмечают, что Арндт, во всяком случае, думал над нравственной оценкой происходящего, в отличие от противников осуждаемых и своих коллег по духовному цеху, которые такими вопросами и вовсе не интересовались.[21] Арндт писал: «Мне были представлены самые серьёзные доказательства, что требования черни – как бы их не оправдывать – были самым настоящим мятежом». И в другом месте: «действительно ли их (зачинщиков мятежа. – иг. П.) признание истинно, или оно было вынуждено мучительною пыткою, сказать трудно».[22] Вряд ли можно предъявлять человеку той эпохи требование, чтобы он вёл себя в соответствии с современными принципами гуманизма и прав человека. Во всяком случае, Арндт отнюдь не радовался, что попал в такую ситуацию. И от партии патрициев, на стороне которой он оказался, он вовсе никаких выгод не получал. Когда в сентябре следующего, 1605 года ему поступило предложение занять место пастора в Хальберштадте, он согласился – но власти Брауншвейга, воспользовавшись тем, что при приглашении не были соблюдены все необходимые бюрократические формальности, его не отпустили. Также и прощальное его письмо брауншвейгскому губернатору, отрывок из которого будет приведён ниже, свидетельствует об отнюдь не радужных отношениях с победившей стороной.
И именно среди всех этих треволнений Арндт пишет своё главное сочинение – «Об истинном христианстве». Несомненно, в написании этого произведения он находил для себя отдохновение и утешение. Первая книга «Истинного христианства» вышла к Пасхе 1605 года во Франкфурте-на-Майне.
И немедленно поднялась волна критики, которой Арндт, похоже, не ожидал. Исследователи доказывают, что здесь не обошлось без политики – обиженные на Арндта представители поверженной брауншвейгской «партии плебеев» нашли повод для мести.[23] Но всё же действовало в основном духовенство – коллеги Арндта по служению. Надо заметить, что всю жизнь – во всяком случае, пока он не занял епископскую должность в 1612 году – именно от них он претерпевал наибольшие скорби: в своей среде он был одинок и не понят. Арндту тут же предъявили обвинение в неправомыслии, в том, что он разоряет «чистое учение», требует «дел покаяния»,